La grande novità della stagione 1946-1947 sulle rive del Ticino è rappresentata dal cambiamento dei colori sociali: le vecchie maglie azzurre sono sostituite da quelle granata, in omaggio al "Grande Torino" che primeggiava sulle scene calcistiche nazionali. La squadra pavese ha disputato il girone D del campionato di Serie C Nord a quindici squadre, con 31 punti in classifica si è piazzata in sesta posizione; il torneo è stato vinto con 43 punti dal Mortara che poteva avvalersi del portiere Emilio Buttarelli che poi passerà al Torino e del centravanti argentino Evaristo Barrera, la compagine lomellina vedrà però svanire nel girone finale il suo sogno di promozione in Serie B, a vantaggio della Vita Nova di Bergamo.
La squadra pavese è affidata in questa stagione all'allenatore Giuseppe Grigoli e si presenta rafforzata dagli arrivi di Angelo Raccone dal Tortona, Bruno Facchin dal Pro Romano, di Vittorio Rovelli dall'Inter e l'italo argentino Nenè Ponzinibio dal Broni che vanta alcune presenze in Serie A con l'Ambrosiana ed il Genoa. Nel finale di stagione il Pavia contende la piazza d'onore alla Fidentina e all'Abbiategrasso, ma l'unica vittoria nelle ultime cinque partite a Tortona, li relega in sesta posizione. Miglior marcatore stagionale Vittorio Rovelli autore di 12 delle 42 reti realizzate dai granata.