Nella stagione 1988-1989 la SPAL disputa il campionato di Serie C1, raccoglie 24 punti con il penultimo posto in classifica, scendendo così per la prima volta nella sua gloriosa storia nella quarta serie nazionale, la Serie C2. Il presidente Francesco Nicolini, stante le difficoltà finanziarie deve cedere i giocatori migliori, arrivano molti giovani inesperti. Nel precampionato il (3-3) con i brasiliani del Flamengo è un fuoco di paglia.
L'allenatore Giorgio Veneri non resiste a lungo ai risultati scadenti dei biancoazzurri nella prima parte di campionato, ed alle proteste dell'ambiente. La sua sostituzione a fine anno con Francesco Paolo Specchia però non paga, perché è la squadra a palesare limiti strutturali. Qualche gioia calcistica arriva dalla Coppa Italia Serie C, dopo aver vinto il proprio girone e superato sedicesimi di finale, gli ottavi, i quarti e le semifinali, la SPAL arriva in finale ma deve cedere nel doppio confronto con il Cagliari, che conquista il trofeo.