Nella stagione 2003-2004 la Pro Patria parte male e termina il girone di andata all'ultimo posto con 12 punti all'attivo. Alla 13ª giornata arriva il cambio di panchina tra Carlo Muraro e Patrizio Sala. Nel mercato di gennaio arrivano i rinforzi di Firmino Elia e Paolo Tramezzani, e i bustocchi nel girone di ritorno recuperano punti, ne raccolgono 26, più del doppio, senza però riuscire ad evitare i playout, dove comunque riescono a sconfiggere il Prato nel doppio confronto, mantenendo così la categoria. Pur avendo disputato solo il girone di ritorno, Firmino Elia è stato il miglior marcatore bustocco di questa stagione, con 10 reti in campionato e 4 in Coppa Italia.
Grazie alla finale ottenuta l'anno prima in Coppa Italia di Serie C, la Pro Patria affronta la Coppa Italia maggiore, dove passa il girone eliminatorio contro le squadre di Serie B, che perdono le loro gare a tavolino per via della protesta contro l'allargamento a 24 partecipanti della Serie B. Successivamente viene eliminata dalla Sampdoria nel secondo turno. Nella Coppa Italia di Serie C i tigrotti si ripetono, raggiungendo nuovamente le finali dopo un lungo percorso, ma sono ancora superati, quest'anno ad opera del Cesena.
Lo sponsor tecnico per la stagione 2003-2004 è Lotto; sulla maglia, per il secondo anno, vi è come sponsor "Ge.S.A." (Gestione Servizi Aziendali).
La prima maglia resta la classica biancoblu, in una versione a bande sottili, e con dei leggeri profili rossi; la seconda maglia è nera, con del blu sui fianchi.
calcio
Pro Patria
Carlo Muraro, poi
Cesena
Prato
Pistoiese.svg){kind=small}
Spezia
Arezzo
Varese
SPAL
Reggiana
Lumezzane
Cagliari
Piacenza
Sampdoria
Coppa Italia
Coppa Italia Serie C