Nella stagione 2011-2012 il Foggia disputa il girone A del campionato di Prima Divisione, raccoglie sul campo 42 punti, ma riceve una pesante penalizzazione di 4 punti, per le difficoltà economiche che attanagliano la società rossonera, chiudendo comunque il torneo con una dignitosa salvezza. Il torneo è iniziato con Valter Bonacina in panchina, sostituito da Paolo Stringara alla 9ª giornata, per poi ritornare da Bonacina dalla 31ª giornata fino al termine della stagione. I satanelli hanno raccolto 22 punti nel girone di andata e 20 nel girone di ritorno. Con 5 reti a testa il nigeriano Kolawole Agodirin e Dario Venitucci sono stati i migliori realizzatori foggiani. Il Foggia ha partecipato alla Coppa Italia nazionale dove nel primo turno ha superato (3-0) il Trapani, poi nel secondo turno esce dal torneo superato (2-0) dalla Nocerina. Nella Coppa Italia di Lega Pro, il Foggia non disputa il girone di qualificazione, avendo giocato la Coppa Italia nazionale, entra in scena nei turni ad eliminazione, nel primo vince a Barletta (0-2), nel secondo turno supera (1-0) il Benevento, nel gironcino del terzo turno supera Catanzaro ed Andria, poi si ferma in semifinale, perdendo il doppio confronto con lo Spezia, che poi vince il trofeo. Ma al termine della tribolata stagione arriva il fallimento della società foggiana, che impone di ripartire con una nuova società dai dilettanti in Serie D, per la stagione 2012-2013.
^Giornata interamente spostata al 25 aprile 2012 per la morte di Piermario Morosini, calciatore del Livorno, avvenuta nel corso della partita del campionato cadetto Pescara-Livorno il 14 aprile 2012.
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