Nella stagione 2011-2012 la SPAL ha disputato il girone A di Lega Pro Prima Divisione. La società affida la panchina a Stefano Vecchi ed assembla una squadra molto giovane, con l'intento di ridurre il monte-ingaggi e sfruttare i contributi previsti per l'utilizzo dei giocatori under. Si registra inoltre il ritorno a Ferrara di Rachid Arma, che sarà autore di 18 reti in stagione. Il totale dei punti guadagnati sul campo (42) sarebbe bastato per ottenere una tranquilla salvezza, tuttavia, a causa delle inadempienze finanziarie della società che portano ben 8 punti di penalizzazione, il totale viene ridotto a 34. I biancazzurri vengono quindi condannati a disputare i Play-out, perdendoli nel doppio confronto con il Pavia e retrocedendo in Lega Pro Seconda Divisione. Il torneo è stato vinto con 65 punti dalla Ternana, che è stata promossa direttamente in Serie B, seguita dalla Pro Vercelli promossa tra i cadetti grazie alla vittoria nei play-off. In Coppa Italia Lega Pro la SPAL vince il girone D di qualificazione, nei turni ad eliminazione diretta supera Portogruaro, Reggiana e Carpi, poi perde con lo Spezia che accederà alle semifinali.
^Partita rinviata per neve e recuperata il 19 febbraio 2012.
^Partita rinviata per neve e recuperata il 12 febbraio 2012.
^Giornata interamente spostata al 25 aprile 2012, per la prematura morte del giocatore del Livorno Piermario Morosini, avvenuta sul campo il 14 aprile durante la gara Pescara-Livorno.