Nella stagione 2005-2006 il Pavia disputa il girone A del campionato di Serie C1, raccoglie 54 punti con il quarto posto, acquisendo il diritto di giocarsi i Play-off. Nella semifinale è superato nel doppio confronto con il Monza. Salgono in Serie B lo Spezia diretto, ed il Genoa che ha vinto i Play-off. La squadra Pavese, per l'ottava stagione allenata da Marco Torresani, si presenta con alcuni nuovi giocatori d'esperienza, dal portiere Fabrizio Casazza al nuovo attacco, con il ritorno di José Maria La Cagnina da Cremona, mentre da La Spezia sono arrivati Riccardo Meggiorini e Marco Veronese, mentre Vincenzo Chianese è stato preso dal Teramo. A metà campionato gli azzurri sono terzi con 28 punti, dietro lo Spezia ed il Genoa, che pure è partito con 3 punti di penalizzazione. Nel ritorno sono gli aquilotti spezzini a fare il vuoto, il Pavia prosegue sulla stessa strada, chiudendo il torneo al quarto posto. Nel momento decisivo dei Play-off però non si fa trovare pronto, pareggia (1-1) in casa e perde (2-0) a Monza nella semifinale.
Nella Coppa Italia Nazionale tornata ad essere ad eliminazione diretta in gara unica, il Pavia supera nel primo turno (2-1) il Vicenza, nel secondo turno elimina il Monza al Brianteo (4-5) ai calci di rigore, poi nel terzo turno esce dal torneo, perdendo (5-6) con il Bari, sempre ai calci di rigore. Nella Coppa Italia di Serie C il Pavia entra in scena nei sedicesimi di finale, avendo disputato la Coppa Italia Nazionale, ma viene subito messo fuori, nel doppio confronto con la Valenzana.
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