Nella stagione 1993-1994 la Pro Sesto ha disputato il girone A del campionato di Serie C1, piazzandosi in sesta posizione di classifica con 47 punti. Il torneo è stato vinto con 68 punti dal Chievo che ha ottenuto la promozione diretta in Serie B, la seconda promossa è stata il Como che ha vinto i playoff. Perché da questa stagione in poi nei campionati di Serie C vi sono due grosse novità, i tre punti per la vittoria e l'introduzione di Playoff e Playout, che renderanno le stagioni più combattute. La prima classificata e l'ultima hanno già assegnato il loro destino, l'altra promossa e le altre retrocesse saranno stabilite dalla coda del torneo. La favorita del campionato è il blasonato Bologna, che però viene eliminato nei Playoff dalla Spal, che a sua volta cede in finale al Como. La Pro Sesto per la quinta stagione di fila è affidata a Gianfranco Motta e disputa un campionato molto solido ed equilibrato, ottenendo 12 vittorie, 11 pari e 11 sconfitte, restando in lotta con il Como fino al termine del torneo, per agguantare il quinto posto, che sarebbe valso la disputa dei primi Playoff. I migliori due elementi di questa stagione sono stati il giovane difensore Fabio Macellari ed il diciottenne centrocampista Davide Tedoldi, partito con la Primavera, ma che Gianfranco Motta ha portato stabilmente in prima squadra. Nella Coppa Italia la Pro Sesto disputa il girone D, piazzandosi al secondo posto alle spalle del Fiorenzuola.
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