La stagione 2003-2004 della SPAL inizia all'insegna dell'incertezza e delle difficoltà economiche. Da marzo il proprietario della società Paolo Fabiano Pagliuso è alle prese con una delicata vicenda giudiziaria personale, che in seguito lo vedrà assolto, ed i suoi beni sono sequestrati dalle autorità.
Alla guida della squadra resta Giuliano Sonzogni, che viene esonerato a ottobre dopo otto giornate con i biancazzurri sul fondo della classifica. Il suo posto è preso da Gian Cesare Discepoli, perfetto conoscitore della piazza e molto apprezzato nell'ambiente. Il nuovo tecnico con una serie di risultati positivi porta la squadra alle soglie dei play-off. La società, alle prese con problemi economici, a gennaio deve cedere Marco Aurellio e Gianluca Temelin: il ritorno di Fabio Artico compensa solo parzialmente l'operazione, alla lunga la squadra ne risente uscendo dalla lotta per gli spareggi promozione, piazzandosi al nono posto. Miglior realizzatore stagionale il romano Andy Selva con 13 reti. Nella Coppa Italia di Serie C la squadra ferrarese disputa il girone E di qualificazione, che ha promosso la Reggiana ai sedicesimi di finale.