Nella stagione 2000-2001 la Pro Sesto disputa il girone A del campionato di Serie C2, piazzandosi in dodicesima posizione di classifica con 41 punti. Il torneo è stato vinto dal Padova con 69 punti, promosso direttamente in Serie C1, la seconda promossa è stata la Triestina che è giunta quinta, ma poi ha vinto i playoff. Partita con l'intento di puntare ai playoff, la Pro Sesto dopo tre gare si trova a zero punti, a fine settembre dopo la sconfitta interna (0-2) con l'Alto Adige, quarta in cinque partite, viene esonerato Davide Aggio, al suo posto è chiamato Gianpaolo Rossi che ha preteso alcuni rinforzi. Le correzioni portano buoni risultati, al Breda cadono quattro squadre, delle prime sei in classifica. Rispetto alla scorsa stagione quello che è mancata è stata la continuità, sono anche mancate le reti attese da Raffaele Rubino, almeno nel girone di andata. I migliori atleti della stagione biancoceleste sono stati i difensori Alessandro Terzi e Massimo Vismara e l'attaccante Vincenzo Maiolo, autore di 14 reti. Nella Coppa Italia di Serie C partenza a razzo con il (3-1) rifilato al Como, ma poi sono arrivate le sconfitte con Pro Patria e Legnano, a raffreddare gli entusiasmi.