È questa l'ultima annata sportiva dell'Associazione Calcio, scomparsa nel 2005 nell'anniversario del suo centenario.
Appena retrocesso dalla Serie A, il Perugia si presenta ai nastri di partenza del campionato cadetto con l'obiettivo di centrare l'immediato ritorno in massima categoria. Nell'occasione il torneo cadetto cambia formula, con l'introduzione dei play-off per la terza promozione, se il margine con la quarta è inferiore ai 10 punti, e dei play-out tra quart'ultima e terz'ultima, se hanno meno di 5 punti di distacco.
La squadra, allenata dal nuovo tecnico Stefano Colantuono, chiude la stagione al quarto posto della classifica (trasformato poi in terzo, a seguito della condanna per illecito sportivo della capolista Genoa) e si guadagna l'accesso ai play-off validi per l'ultimo posto utile alla promozione. Qui, dopo avere superato in semifinale il Treviso sia all'andata[3] sia al ritorno,[4] gli umbri escono sconfitti dalla finale con il Torino, squadra con cui condividevano il record di vittorie stagionali (21). I grifoni, battuti per 1-2 nell'andata allo stadio Renato Curi,[5] non riescono a ribaltare l'esito del doppio confronto nella gara di ritorno, ottenendo un'inutile vittoria per 0-1 al Delle Alpi che, dopo i tempi supplementari, premia ugualmente i granata in virtù del miglior piazzamento conseguito nella stagione regolare.[6]
Meno esaltante è il cammino in Coppa Italia, con i biancorossi presto eliminati già nella prima fase a gironi.
Pochi giorni dopo la fine del campionato emerge un pesante dissesto economico-finanziario nelle casse della società dei Gaucci,[7] situazione che il 15 luglio 2005 porta dapprima alla revoca dell'affiliazione alla Federcalcio e successivamente, dopo un secolo di storia, al fallimento del club umbro. Durante l'estate viene quindi creata in città una nuova società, il Perugia Calcio, che aderendo al lodo Petrucci perde la categoria dovendo così iscriversi alla Serie C1, ma può tuttavia mantenersi in continuità con la precedente conservandone il titolo sportivo.
^Il Perugia, inizialmente quarto classificato sul campo per classifica avulsa e finalista play-off, in seguito al sopravvenuto fallimento, nei termini delle Norme Organizzative Interne Federali fu considerato radiato a far data dalla fine della stagione, il 30 giugno 2005; di conseguenza gli furono preclusi gli effetti di un possibile ripescaggio dopo la condanna inflitta al club primo classificato, il Genoa, declassato d'ufficio all'ultimo posto.