Nella stagione 1968-1969, tornato dopo cinque anni in Serie A, il Palermo ottiene con 25 punti l'11º posto in classifica.
In casa il Palermo perde solamente due partite, contro Roma e Napoli. Contro i partenopei, il 16 marzo 1969 alla 22ª giornata, la partita finì 3-2 con gol di Barison per il Napoli, doppietta di Troja, poi Altafini su rigore e gol vittoria di Micelli per i partenopei. Dopo la realizzazione dal dischetto, Altafini fece il "gesto dell'ombrello" ai tifosi palermitani: seguì quindi un'invasione di campo e un fitto lancio di oggetti che colpì un guardalinee. Al termine dell'incontro l'arbitro romano Antonio Sbardella venne tratto in salvo da un elicottero dei Carabinieri atterrato in campo. Al Napoli venne poi assegnata la vittoria a tavolino per 2-0 e la Favorita fu squalificata per due turni.[1]
Il caso Altafini finì poi davanti a un giudice, poiché una tifosa del Palermo denunciò Altafini per offese.[2]
L'avventura in Coppa Italia termina nella Prima fase a gironi giocata nel mese di settembre. Il Palermo viene eliminato dopo la sconfitta contro il Catanzaro (2-1), il pareggio contro il Catania (1-1) e la vittoria contro il Napoli (1-0): alla luce di questi risultati la squadra è seconda in classifica, con 3 punti, a pari merito con i calabresi. Nel mese di dicembre la squadra partecipa per la seconda ed ultima volta nella sua storia alla Coppa Mitropa, venendo sconfitta per un totale di 3-1 dai cecoslovacchi dell'Internacionál Slovnaft Bratislava: l'andata in trasferta si concluse con una sconfitta per 3-0, mentre nella gara di ritorno il Palermo vinse per 1-0, ma quest’ultimo risultato non bastò per qualificarsi. La successiva esperienza europea del Palermo verrà vissuta 37 anni dopo, nel 2005.
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