Nella Stagione 1958-1959 il Napoli ha disputato il campionato di Serie A, con 34 punti ha ottenuto la settima piazza, il titolo di campione d'Italia è andato al Milan con 52 punti, al secondo posto la Fiorentina con 49 punti. Sono retrocesse in Serie B la Triestina ed il Torino con 23 punti.
Il Napoli sempre guidato dall'allenatore Amedeo Amadei si è rinforzato con l'arrivo dell'attaccante brasiliano Emanuele Del Vecchio dal Verona, che realizzerà un bottino di 13 reti nella sua prima stagione partenopea in campionato e 2 reti all'Inter in Coppa Italia. Il Napoli non è riuscito a ripetere la stagione precedente che era stata chiusa al quarto posto, ma deve accontentarsi di finire il campionato al settimo posto. È anche incappato in alcune pesanti sconfitte esterne, come il (6-1) subito dal Milan e umiliante l'(8-0) subito dalla Roma che resta la peggior sconfitta mai patita dai partenopei in Serie A. In Coppa Italia è entrato al terzo turno battendo il Messina (5-0), per poi trovare disco rosso con l'Inter (3-2).