Nella stagione 2016-2017 l'Arezzo disputa il girone A del campionato di Lega Pro, con 65 punti ottiene il quarto posto finale. Partecipa ai Play-off, da questa stagione allargati fino al decimo posto nei gironi, ma si fa sorprendere nel primo turno dalla Lucchese, che si impone (1-2) al Comunale, vanificando subito i sogni di gloria aretini. La squadra amaranto allenata per questa stagione da Stefano Sottili ha raccolto 33 punti nel girone di andata che ha chiuso al quarto posto, e 32 punti nel girone di ritorno. Ma come detto, perde subito il passo nei Play-off. Partecipa anche alla Coppa Italia nazionale, dove supera nel primo turno (1-2) la Carrarese dopo i tempi supplementari, poi nel secondo turno viene eliminata dal Cesena, perdendo (2-0) al Manuzzi. Nella Coppa Italia di Lega Pro nel primo turno l'Arezzo sbanca il Lungobisenzio di Prato (0-2), mentre nel secondo turno viene eliminata dal Tuttocuoio che pareggia (1-1), ma poi i ragazzi di San Miniato si impongono (4-5) ai calci di rigore. Autore di 18 reti, il miglior marcatore stagionale aretino è stato Davide Moscardelli.
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