Nella stagione 2012-2013 la Pro Patria vince il campionato a diciannove anni di distanza, dopo la vittoria nell'Eccellenza nella stagione 1993-1994. La formazione bustocca allenata dal siciliano Aldo Firicano, e finalmente priva di penalizzazioni, inizia positivamente il nuovo campionato. Dopo la ventiduesima giornata, grazie alla vittoria sul Castiglione, si ritrova al primo posto in classifica con una partita in meno.[3]Al termine del girone di andata è quinta con 31 punti, poi nel girone di ritorno fa meglio di tutti con 40 punti raccolti, così il 12 maggio 2013 dopo la vittoria (0-2) al Natale Palli di Casale Monferrato nell'ultima di campionato, conquista la Lega Pro Prima Divisione, chiudendo al primo posto il girone con 62 punti, 2 punti di vantaggio sul Savona e 3 sul Venezia che vince i play-off, tutte tre promosse, con la miglior differenza reti +27, e con l'attacco più prolifico del girone A, 64 reti, delle quali ben 19 firmate dal bomber Matteo Serafini. I biancoblu riconquistano così la terza serie dopo tre anni in Seconda Divisione. Poi a fine maggio come vincitrice del Girone A di Seconda Divisione, la Pro Patria affronta la Salernitana, vincitrice del Girone B, per la sfida in Supercoppa di Lega di Seconda Divisione, dalla quale esce sconfitta nel doppio confronto. Mentre nella Coppa Italia di Lega Pro i bustocchi non superano lo scoglio del primo girone di qualificazione, vinto dal Casale.
Lo sponsor tecnico per la stagione 2012-2013 è Erreà, sulla maglia è presente il marchio Italsempione, in piccolo, azienda del patron Vavassori. In occasione della sfida in Supercoppa contro la Salernitana, il logo compare per esteso come sponsor principale. La prima maglia resta la classica biancoblu; la seconda maglia è arancione con inserti blu.
^Dato riferito al solo campionato; l'affluenza massima si è avuta nella partita di andata della Supercoppa di Lega Pro, con 2500 spettatori contro la Salernitana
^Media su 16 partite anziché 17, Pro Patria-Alessandria disputata a porte chiuse.