Ottenuta la qualificazione in Oberliga Nordost in virtù del secondo posto ottenuto nei playoff giocati al termine della stagione 1990-91, il F.C. Berlin, nonostante le continue partenze di pedine importanti in alcuni settori di gioco (Reich, Chaloupka, Herzog), riuscì a vincere l'edizione 1991-92 della nuova Oberliga Nordost, qualificandosi quindi al playoff di promozione in 2. Bundesliga. La squadra fallì tuttavia la promozione, classificandosi al terzo posto in un raggruppamento di quattro. Nella nuova Coppa di Germania unificata il F.C. Berlin non andò invece al di là del primo turno, eliminato dal Friburgo.