Il 18 febbraio 2017, grazie alla vittoria per 1-0 sul campo del Burnley (squadra della Premier League) negli ottavi di finale di FA Cup, il Lincoln City è diventata la prima squadra dilettantistica dal 1914 a riuscire a qualificarsi ai quarti di finale della competizione[1]; tuttavia nel turno successivo è stata eliminata dall'Arsenal (altro club di prima divisione) con il risultato di 5-0. Nella medesima stagione il club raggiunge inoltre per la prima volta la sua storia la semifinale di FA Trophy.
Il 22 aprile 2017, grazie alla vittoria per 2-1 in casa sul Macclesfield Town, si aggiudica la National League con due partite di anticipo e torna in Football League Two, dopo sei stagioni di assenza. Nella stagione 2017-2018 ha vinto il Football League Trophy, competizione di cui nella sua storia ha raggiunto in altre due occasioni le semifinali (edizioni 2000-2001 e 2020-2021).
Nel luglio 2020 il club è stato acquistato da un ricco imprenditore inglese, con l'intento di rendere i The Red Imps un club di alto rango.