Il club venne fondato nel 2006 come sezione femminile dell'A.S.V. Spratzern. Venne iscritto nella Frauen Gebietsliga, quarto livello nazionale, e, vincendo il proprio raggruppamento, venne promosso in 1. Landesliga. Alla seconda stagione nel girone regionale della Bassa Austria venne promosso in Frauen 2. Liga, seconda serie nazionale. Alla prima stagione in 2. Liga perse gli spareggi promozione, che poi vinse nella stagione successiva 2010-2011, venendo così promosso in ÖFB-Frauenliga, massima serie del campionato nazionale, per la prima volta nella sua storia[1].
La prima stagione in ÖFB-Frauenliga venne conclusa con un secondo posto, replicato anche nelle due stagioni successive, sempre dietro al Neulengbach. Nella stagione 2012-2013 conquistò il suo primo trofeo, la Coppa d'Austria. Grazie al secondo posto conquistato al termine della stessa stagione 2012-2013, il club, con la nuova denominazione Frauen Sportklub St. Pölten-Spratzern[2], guadagnò l'accesso ai sedicesimi di finale della UEFA Women's Champions League 2013-2014. La prima partecipazione alla competizione UEFA si concluse subito ai sedicesimi con la sconfitta contro la Torres. Al termine della stagione 2014-2015 il St. Pölten-Spratzern pose fine alla serie di dodici vittorie consecutive del Neulengbach, vincendo per la prima volta la ÖFB Frauen Bundesliga con 17 vittorie e un pareggio su 18 partite[3]. Replicò la stessa prestazione anche nella stagione 2015-2016, conquistando nuovamente anche la Coppa d'Austria. La seconda partecipazione alla UEFA Women's Champions League nell'edizione 2015-2016 ebbe epilogo analogo alla prima, venendo il St. Pölten-Spratzern eliminato subito ai sedicesimi di finale da una compagine italiana, questa volta l'AGSM Verona.
Il 17 giugno 2016 il club venne integrato nella struttura societaria del S.K.N. Sankt Pölten, diventandone la sezione femminile[4]. La squadra vinse il campionato anche nelle stagioni 2016-2017 e 2017-2018[5], così come conquistò la Coppa d'Austria al termine delle stesse stagioni.
^(EN) Austria (Women) 2010/11, su rsssf.com, 21 giugno 2012. URL consultato il 14 settembre 2018.
^(DE) Neuer Spielplan für "neue" teams, su fanreport.com, 1º luglio 2013. URL consultato il 14 settembre 2018 (archiviato dall'url originale il 28 marzo 2019).