Voce principale: Musei italiani.

Questa lista è suscettibile di variazioni e potrebbe essere incompleta o non aggiornata. Elenco in ordine alfabetico per province dei musei della Puglia.

In evidenza i comuni con almeno tre musei segnalati.

• Antiquarium di Canne
• Museo civico e pinacoteca di Barletta - Castello Svevo
• Pinacoteca De Nittis (Palazzo della Marra)
• Museo della cattedrale
• Tesoro della basilica del Santo Sepolcro
• Polo museale Chiesa dei Greci
• Polo museale Cantina della disfida di Barletta
• Casa-museo Cafiero

• Museo civico archeologico di Canosa
• Palazzo Sinesi
• Palazzo Iliceto
• Museo della civiltà contadina di Canosa
• Antiquarium del parco archeologico di San Leucio

• Museo diocesano
• Sinagoga-museo Sant'Anna
• Museo delle carrozze di Trani
• Pinacoteca "Ivo Scaringi"

• Museo diocesano, Andria
• Museo del confetto "Giovanni Mucci", Andria

• Museo archeologico di Santa Scolastica
• Pinacoteca provinciale di Bari (artistico)
• Museo della gipsoteca di Bari (artistico)
• Museo dei pigmenti colorati naturali, sede della Bibart (Biennale d'arte contemporanea di Bari): chiesa di Santa Teresa dei Maschi (artistico)
• Museo nicolaiano (artistico)
• Museo della cattedrale di Bari (artistico-archeologico)
• Museo storico civico di Bari
• Museo etnogr. Africa-Mozambico di Bari (etno-antropologico)
• Acquario provinciale di Bari (naturalistico)
• Istituto orto botanico di Bari (naturalistico)
• Museo di zoologia di Bari (naturalistico)
• Museo di scienze della Terra di Bari (naturalistico)
• Raccolta scientifica di Bari (naturalistico)
• Museo raccolta di fisica di Bari (tecnico-scientifico)
• Collezione delle cartoline di Bari (specializzato)
• Museo sacrario di Bari (specializzato)

• Museo civico "G. D. Rogadeo"
• Museo delle tradizioni popolari di Bitonto
• Museo diocesano "Aurelio Marena"
• Museo archeologico "De Palo-Ungaro"
• Galleria nazionale "De Vanna"

• Museo Archeologico Nazionale Jatta (archeologico)
• Museo del Libro - Casa della Cultura (specializzato)
• Pinacoteca Comunale "Domenico Cantatore" (artistico)

• Archivio biblioteca museo civico
• Museo diocesano matronei Altamura
• Museo nazionale archeologico di Altamura
• Museo dell'uomo di Altamura
• Museo d'arte tipografica Portoghese
• Museo etnografico dell'Alta Murgia
• Museo del pane

• Acquaviva Museo Archeologico, Acquaviva delle Fonti
• Museo dei reperti della civiltà contadina di Alberobello, Alberobello
• museo della società contadina, Capurso
• Museo civico archeologico di Bisceglie, Bisceglie
• Museo diocesano di Bisceglie, Bisceglie
• Museo civico di Conversano, Conversano
• Museo archeologico nazionale di Gioia del Colle, Gioia del Colle
• Parco archeologico di Monte Sannace, Gioia del Colle
• Raccolta archeologica di Giovinazzo, Giovinazzo
• Museo della fondazione "E. Pomarici Santomasi", Gravina in Puglia
• Museo pinacoteca "A. Salvucci", Molfetta
• Museo Civico Archeologico del Lazzaretto a Molfetta (reperti del pulo di Molfetta)
• Museo della cantieristica navale a Molfetta presso Fabbrica di San Domenico Molfetta
• Collezione "L. Meo-Evoli", Monopoli
• Museo Pino Pascali, Polignano a Mare
• Museo civico archeologico "Grazia e Pietro Didonna", Rutigliano
• Museo Didattico di arte e storia sacra (Mu.Di.A.S.), Rutigliano
• Museo della civiltà contadina "Dino Bianco", Sammichele di Bari
• Pinacoteca "M. De Napoli", Terlizzi

• Museo archeologico provinciale Francesco Ribezzo
• Museo etnico della civiltà salentina
• Museo diocesano Giovanni Tarantini

• Museo archeologico
• Pinacoteca Emilio Notte

• Museo archeologico nazionale di Egnazia
• Museo della casa alla fasanese
• Museo dell'olio di oliva

• Museo della ceramica di Latiano
• Museo delle arti e tradizioni di Puglia
• Museo del sottosuolo

• Collezione "Martini Carissimo"
• Mostra archeologica Oria
• Museo archeologico "F. Milizia"
• Museo didattico zoologico di Oria
• Raccolta Kalefati

• Museo civico archeologico "U. Granafei", Mesagne
• Museo di civiltà preclassiche della Murgia Meridionale, Ostuni
• Museo della civiltà rurale, San Vito dei Normanni

• Museo civico e pinacoteca comunale
• Museo civico del parco archeologico di Passo di Corvo
• Civica pinacoteca "Il 9cento"
• Museo del territorio
• Museo provinciale di storia naturale
• Museo interattivo delle scienze
• Museo diocesano
• Museo delle croci
• Museo della religiosità popolare
• Museo del centro missionario africano
• Museo giordaniano
• Museo ex voto del santuario Madonna Incoronata di Foggia
• Museo delle carrozze
• Museo "Paolo Sabbetta"

• Museo archeologico nazionale di Manfredonia
• Museo etnografico del centro studi pugliesi e di Siponto
• Museo diocesano dell'arcidiocesi garganica di Manfredonia-Vieste-San Giovanni Rotondo

• Museo dell'Alto Tavoliere
• Museo diocesano
• Pinacoteca Luigi Schingo

• Museo civico di Troia
• Museo diocesano di Troia
• Tesoro della cattedrale di Troia

• Museo archeologico e diocesano, Ascoli Satriano
• Museo civico "C. G. Nicastro", Bovino
• Museo diocesano, Bovino
• Museo civico di storia naturale di Casalnuovo Monterotaro, Casalnuovo Monterotaro
• Raccolta archeologica di Celenza Valfortore, Celenza Valfortore
• Museo del grano, Cerignola
• Museo etnografico cerignolano, Cerignola
• Museo etnografico della Valmaggiore a Faeto, comune appartenente alla minoranza francoprovenzale in Puglia
• Museo di archeologia urbana "G. Fiorelli", Lucera
• Museo diocesano, Lucera
• Collezione "M. Sansone", Mattinata
• Museo civico di Mattinata, Mattinata
• Museo arti e tradizioni popolari del Gargano "G. Tacredi", Monte Sant'Angelo
• Museo della basilica di San Michele, Monte Sant'Angelo
• Museo archeologico e galleria dei ricordi, Trinitapoli
• Antiquarium civico di Vico del Gargano, Vico del Gargano
• Museo civico archeologico di Vieste, Vieste
• Museo malacologico, Vieste

• Fondazione Biscozzi Rimbaud
• Museo archeologico provinciale Sigismondo Castromediano
• Museo storico della Città di Lecce (MUST)
• Museo provinciale delle tradizioni popolari
• Pinacoteca d'arte francescana
• Le stanze delle meraviglie (Wunderkammer) di Rosso Pompeiano
• Museo storico-archeologico dell'Università del Salento (MUSA)
• Museo Faggiano

• Museo Emanuele Barba, Gallipoli
• Museo diocesano di Gallipoli, annesso alla basilica cattedrale di Gallipoli.

• Museo diocesano
• Nuovo museo archeologico di Ugento
• Museo archeologico Adolfo Colosso

• Museo civico di storia naturale del Salento, Calimera
• Museo di paleontologica e paletnologica "D. De Lorentis", Maglie
• Museo degli affreschi della cripta di Santa Maria degli Angeli, Poggiardo
• Museo di biologia marina, Porto Cesareo
• Museo civico di San Cesario di Lecce, San Cesario di Lecce
• Casa Museo Ezechiele Leandro, San Cesario di Lecce
• Museo della civiltà contadina e delle tradizioni popolari di Tuglie, Tuglie
• Museo Vito Mele, Castrignano
• Museo diffuso, Cavallino
• Museo Borgo Terra, Muro Leccese
• Museo Messapico di Alezio
• Museo Messapico di Vaste
• Museo Civico delle Forze Armate - Palazzo Marchesale, Botrugno
• Museo della lametta da barba - Palazzo Marchesale, Botrugno

• Museo archeologico nazionale di Taranto (MARTA)
• Museo spartano di Taranto
• Museo oceanografico dell'istituto talassografico
• Museo etnografico Alfredo Majorano
• Museo di storia naturale Bios Taras

• Museo civico della paleontologia e dell'Uomo, Lizzano
• Museo della civiltà contadina di Crispiano, Crispiano
• Museo della ceramica di Grottaglie, Grottaglie
• Raccolta archeologica di Manduria, Manduria
• Civico museo storico archeologico della civiltà dell'olio e del vino, Massafra
• Collezione Spada antichi strumenti musicali [1], Montemesola

• Wikimedia Commons contiene immagini o altri file su musei della Puglia

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