Passato al professionismo nel 1996, l'argentino, che gioca con la mano destra, si è subito distinto per il suo gioco da fondo campo, che rende al meglio soprattutto sulla terra rossa dove la palla viaggia a velocità inferiori. Nonostante un fisico minuto (175 cm per 70 kg di peso) l'argentino è riuscito a costruirsi un buon servizio, con il quale si apre spesso il campo, riuscendo così a sfruttare appieno il suo colpo migliore, il rovescio ad una mano.
Gaudio è salito alla ribalta nel 2004, quando da medio outsider riuscì a conquistare il Roland Garros. Nella finale contro il connazionale Guillermo Coria l'argentino riuscì a rimontare da due set di svantaggio e di imporsi poi per 8-6 nel quinto parziale. Quel successo fu il preludio a quella che è stata la sua migliore stagione, ovvero il 2005: in quell'anno Gaudio vinse cinque tornei, issandosi alla quinta posizione nella classifica ATP (suo best ranking).
Dal 2006 Gaudio ha iniziato una lenta ed inarrestabile discesa: il suo gioco ha perso man mano incisività e ha dimostrato sempre meno capacità di restare concentrato per un intero match, peraltro senza far intravedere margini di risalita. Non solo l'argentino non è più riuscito a vincere un torneo ma ha iniziato a perdere da giocatori dal ranking inferiore del suo. Nel 2007 è crollato in 73ª posizione. Nel 2008 cede ancora numerose posizioni ed arriva alla numero 585, prima di decidere di ritirarsi.
Ad inizio 2009 decide di rientrare. Il rientro avviene ad Iquique, dove si ritira ai quarti contro l'argentino Juan Pablo Brzezicki. Il suo secondo torneo stagionale avviene a Buenos Aires, dove perde nel primo turno dallo spagnolo Daniel Gimeno Traver per 2-6 6-4 2-6. Perde al secondo turno del torneo di Santiago per mano del tennista argentino Mariano Zabaleta per 6-4 2-6 3-6. Tenta di partecipare al torneo ATP World Tour Masters 1000 Miami, ma viene eliminato al primo turno delle qualificazioni dal tennista russo Evgenij Korolëv per 2-6 6-3 5-7. La stessa cosa avviene a Houston, dove perde al primo turno delle qualificazioni per mano del tennista serbo Dušan Vemić per 6(4)–7 4-6. A Barcellona viene eliminato al secondo turno dal tennista spagnolo Tommy Robredo per 6(6)–7 1-6.
Vince il primo torneo del ritorno a Tunisi, vincendo contro Frederico Gil per 6-2 1-6 6-3. Perde al primo turno del torneo dell'Estoril da Fabio Fognini per 3-6 4-6; arriva ai quarti a Bordeaux perdendo contro il francese Laurent Recouderc per 6-2 4-6 4-6. Partecipa al Roland Garros grazie ad una wild card, ma perde al primo turno contro Radek Štěpánek per 3-6 4-6 1-6. Esce al primo turno al torneo di Poznan perdendo contro Rui Machado per 2-6 4-6. Esce al primo turno al torneo di Gstaad perdendo da Mikhail Youznhy per 3-6 7-5 4-6. Stessa cosa al torneo di San Marino, uscendo di scena contro il tennista italiano Andreas Seppi per 0-6 6-4 0-6. Perde al primo turno il torneo di Cordenons, uscendo di scena contro Alberto Martín per 6-4 1-6 3-6. Perde al terzo turno delle qualificazioni del torneo di Ginevra contro Dmitrij Sitak per 1-6 4-6. Perde al primo turno delle qualificazioni dell'U.S. Open contro Julian Reister per 1-6 6(3)–7.
Dopo un anno di inattività si ritira ufficialmente nel settembre 2011.[1]
Argentina
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Torneo Godó, Barcellona
Jarkko Nieminen
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Open di Francia, Parigi
Movistar Open, Viña del Mar
Estoril Open, Estoril
Allianz Suisse Open Gstaad, Gstaad
Austrian Open, Kitzbühel
Mercedes Cup, Stoccarda (1)
Swedish Open, Båstad
Nicolás Lapentti 
František Čermák 
Maks Mirny
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