Nella stagione 2016 l'HJK ha disputato la Veikkausliiga, massima serie del campionato finlandese di calcio, terminando il torneo al secondo posto con 58 punti conquistati in 33 giornate, frutto di 16 vittorie, 10 pareggi e 7 sconfitte[1], venendo così ammesso al primo turno preliminare della UEFA Europa League 2017-2018. In Liigacup è stato eliminato al termine della fase a gironi, avendo concluso al terzo posto il suo girone[2]. In Suomen Cup è sceso in campo a partire dal quinto turno, raggiungendo la finale del torneo per la diciottesima volta nella sua storia, ma venendo sconfitto ai tiri di rigore dall'SJK. Ha partecipato alla UEFA Europa League 2016-2017 come terzo classificato nella Veikkausliiga 2015, accedendo al primo turno di qualificazione: dopo aver sconfitto prima i lituani dell'Atlantas e poi i bulgari del Beroe, ha raggiunto il terzo turno, dove è stato eliminato dagli svedesi dell'IFK Göteborg.