Per l'inizio della stagione si sono iscritti alla NISA due nuovi club, i New York Cosmos ed il New Amsterdam,[1][2] ma considerando la momentanea sospensione delle attività del San Diego 1904 e dello Stumptown Athletic,[3] il numero di partecipanti per la Fall Season è rimasto a quota 8. In seguito al rientro alle competizioni di questi due club,[4][5] alla sospensione delle attività degli stessi Cosmos,[6] del passaggio in USL Championship degli Oakland Roots[7] e dell'iscrizione alla lega dei Maryland Bobcats,[8] il numero di club partecipanti alla Spring Season è salito a 9.
Il format della stagione è stato sin da subito stravolto a causa della pandemia di COVID-19, per via della quale la lega ha dovuto più volte trovare degli escogitare modalità innovative per portare a termine in sicurezza il campionato. La Fall Season, dopo quattro partite per stabilire il seeding per il sorteggio dei gironi, si è pertanto disputata in un torneo a porte chiuse tenutosi a Detroit. Gli otto club partecipanti sono state suddivisi in due gironi da quattro squadre ciascuna e hanno giocato contro ogni altra squadra presente nel proprio raggruppamento. Al termine delle tre giornate, le due squadre di ogni girone col maggior numero di punti totalizzati (3 per ogni vittoria, 1 per ogni pareggio) si sono qualificati per le semifinali. Nella fase ad eliminazione diretta, i club classificatisi al primo posto del rispettivo raggruppamento hanno affrontato le seconde dell'altro girone. La squadra vincitrice della Fall Season avrebbe, inoltre, avrebbe guadagnato il diritto di ospitare la finale del campionato, da disputare contro il club uscito campione dalla Spring Season.[9]
La successiva Spring Season è stata composta di due parti distinte: la Legends Cup e la stagione regolare. Le squadre vincitrici dei due tornei si sarebbero successivamente affrontate tra di loro per conquistare il titolo di campione della Spring Season e avere così il diritto di sfidare il Detroit City, campione della Fall Season, nella finale del campionato. La Legends Cup è stato un ulteriore torneo organizzato dalla lega in una location singola: disputatosi a Chattanooga, ha visto le 9 squadre partecipanti suddivise in 3 gironi da 3 squadre ciascuno. Dopo che ogni partecipante avesse giocato due partite, una per ogni avversario presente nel proprio gruppo, è stata stilata una classifica complessiva, la quale ha determinato la qualificazione per la fase finale: la prima classificata si è guadagnata l'accesso diretto per la finale, mentre la seconda e la terza si sono affrontate in una semifinale. Le formazioni eliminate si sono sfidate a due a due (quarta contro quinta, sesta contro settima e ottava contro nona) per determinare la classifica finale.[10] A seguito della Legends Cup, e a emergenza coronavirus conclusa, si è tenuta la stagione regolare, nella quale i 9 club si sono affrontati in un girone all'italiana per un totale di 8 giornate.[10]
Al termine di tutto ciò si sono disputati i playoff finali a Detroit. Siccome il Detroit City si era laureato campione, oltre che della Fall Season, anche della Spring Season a seguito delle vittorie della Legends Cup e della stagione regolare, quella che originariamente era stata concepita come finale per la Spring Season è in realtà divenuta una semifinale a tutti gli effetti, contesa tra le seconde classificate delle due competizioni primaverili, il Chattanooga FC ed il Los Angeles Force. La vincitrice di questo scontro, la formazione californiana, ha affrontato poi i padroni di casa in finale sabato 3 luglio, uscendo infine sconfitta.
Ubicazione delle squadre della NISA nella stagione 2020-2021 (in rosso quelle che hanno disputato l'intera stagione, in giallo quelle che hanno preso parte solo alla Fall Season e in blu le partecipanti alla sola Spring Season)