La stagione parte ufficialmente il 14 agosto 2011 allo Stadio Ezio Scida di Crotone dove la squadra è impegnata nel secondo turno della Coppa Italia contro il Sorrento. La sfida finisce 1-0 per il Crotone grazie a un gol al 79º minuto di Galardo che qualifica i calabresi al terzo turno preliminare contro il Lecce. La sfida avviene il 21 agosto 2011 allo Stadio Via del Mare di Lecce dove i calabresi battono i padroni di casa per 2-0 grazie ai gol di Djuric al 44º minuto e di Ciano al 50º minuto.
Con questa vittoria il Crotone si qualifica al quarto turno preliminare nel quale il 23 novembre 2011 incontrerà allo Stadio Renato Dall'Ara il Bologna.
Il 27 agosto 2011, per la compagnia rossoblù ha inizio ufficialmente il campionato di Serie Bwin 2011-2012.
Gli squali ospitano allo stadio "Ezio Scida" i toscani del Livorno, guidati da Mister Walter Novellino. Davanti a circa 4.000 spettatori il Crotone viene sconfitto per 2-1 dai labronici. Le successive giornate vedono la squadra arrancare inizialmente per poi venir fuori alla lunga grazie a tre vittorie consecutive contro Gubbio (2-1); AlbinoLeffe (1-3) e Padova (2-1) che consentono ai pitagorici di collocarsi nella zona alta della parte destra della classifica.
Il 15 novembre 2011, in accordo con il consiglio di amministrazione e con la famiglia Vrenna il presidente Salvatore Gualtieri si dimette e la carica passa al nuovo presidente Gianni Vrenna, fratello di Raffaele Vrenna ex presidente "Storico" della compagine rossoblù. Salvatore Gueltieri rimane comunque in società con la carica di Vice Presidente e mantiene la carica di Consigliere di Lega.
Il Crotone continua la sua marcia in campionato con la sconfitta di Verona (2-1) il pareggio casalingo col Torino capolista (0-0); la sconfitta immeritata nel Quarto Turno di Coppa Italia a Bologna (4-2) e la successiva vittoria "Storica" in campionato a Padova col Cittadella (0-1) stadio nel quale il Crotone nelle quattro precedenti occasioni aveva sempre perso, le ultime due delle quali sono costate la partecipazione ai play-off nei due campionati precedenti. Il campionato dei Rossoblù prosegue con il pareggio interno ottenuto giocando in inferiorità numerica contro il Sassuolo terzo in classifica (1-1) e con la successiva vittoria sul campo della Nocerina (0-2). Il Girone di andata si conclude con due pesanti sconfitte; quella casalinga contro l'Ascoli ultimo in classifica (1-2) e a Brescia (3-0).
Il girone di ritorno non incomincia nei migliori dei modi; i Rossoblù rimediano altre due sconfitte a Livorno (2-1) e in casa con il Vicenza (1-2); conseguendo così una striscia di quattro sconfitte consecutive nelle ultime quattro gare giocate. Il 23 gennaio, l'Fc Crotone comunica l'esonero di Mister Leonardo Menichini e solleva dall'incarico anche il preparatore atletico Bonatti. La squadra viene affidata a colui che, sino a quel giorno era stato il vice allenatore dei pitagorichi, Massimo Drago il quale viene promosso allenatore in prima della squadra e diventa così il secondo allenatore Crotonese a guidare la squadra della sua città in un campionato professionistico. Drago, debutta in quel di Castellamare di Stabia dove riesce a strappare un pareggio (2-2) anche se fino al 95' i rossoblù conducevano per 2-1, grazie alle due reti messe a segno dal brasiliano Caetano Calil, interrompendo la striscia negativa di sconfitte consecutive (4). Il 9 febbraio la famiglia Vrenna viene premiata per il traguardo raggiunto dei 20 anni alla guida del club pitagorico: vengono premiati il presidente Gianni Vrenna e il vice presidente Salvatore Gualtieri davanti a ospiti prestigiosi, tra cui l'ex allenatore del Crotone, Gigi De Rosa[1]. Nelle cinque gare consecutive sotto la gestione Drago arrivano una sconfitta in casa con il Pescara del tecnico boemo Zdeněk Zeman (1-2), e ben sei pareggi consecutivi con Empoli (1-1); Grosseto (2-2); Vicenza (1-1); Bari (1-1); Modena (2-2) e Gubbio (3-3).
Il Crotone ritorna alla vittoria nel turno casalingo con l'AlbinoLeffe, e lo fa in modo convincente (5-2), e allunga la striscia di risultati utili consecutivi vincendo anche nelle successive gare a Padova (1-2) e in casa con una prestigiosa avversaria, la Sampdoria (1-0). Alle 35ª Giornata è tempo di Derby di ritorno, e i pitagorici di mister Drago sono di scena allo stadio Oreste Granillo di Reggio Calabria: La gara si conclude in parità (1-1) con gli squali che riescono in una gara nervosa (conclusa con 9 calciatori amaranto e 10 rossoblù in campo) ad agguantare il pareggio a pochi secondi dal termine e in pieno recupero grazie a una rete messa a segno dal giovane attaccante scuola Roma Stefano Pettinari. Nel Turno successivo la striscia di risultati utili consecutivi sale addirittura a undici grazie alla vittoria schiacciante contro il Verona capolista (3-1) con i rossoblù che agilmente riescono già nel primo tempo a segnare tre reti davanti ai circa 4.100 spettatori calorosi dello Scida e a indirizzare la gara a loro favore, raggiungendo così quota 43 punti in classifica.
La stagione dei rossoblù prosegue a ritmo alterno susseguendosi una serie di vittorie e sconfitte ciclo che incomincia con una sconfitta in trasferta a Torino (2-1); una vittoria casalinga contro il Cittadella (3-1); una sconfitta a Modena con il Sassuolo (2-0) e una vittoria casalinga con una diretta rivale per la salvezza, la Nocerina (3-1). Questa gara casalinga contro i Molossi consegna la matematica salvezza alla squadra guidata egregiamente da mister Drago che con 49 punti a due giornate dal termine consegna alla società guidata dai fratelli Vrenna la quarta consecutiva e storica partecipazione alla serie cadetta.