Il Volendam, fondato da alcuni pescatori olandesi, aderì rapidamente all'Associazione Calcistica Cattolica dei Paesi Bassi. Nel 1935 e nel 1938 vinse il campionato nazionale cattolico e durante la Seconda guerra mondiale fu obbligato dai nazisti a unirsi alla KNVB. Nel 1955 il Volendam diventò un club professionistico, poiché aderì al campionato professionistico.
Nella stagione 1961-62 l'attaccante olandese del Volendam Dick Tol mise a segno 27 reti in campionato, diventando l'unico giocatore del club capocannoniere di una Eredivisie.
Dopo essere stato una presenza fissa dell'Eredivisie dal 1987 al 1998 il Volendam collezionò una serie di promozioni e retrocessioni, per un totale rispettivamente di 8 e 8. L'ultima retrocessione risale al 2009 dopo appena un anno dal ritorno in Eredivisie; in questa stagione la squadra è riuscita ad arrivare fino alle semifinali di Coppa d’Olanda venendo eliminato dall’Heerenveen.
Il 22 aprile 2022, battendo il Den Bosch per 1-2, sotta la guida di Wim Jonk il Volendam conquista la promozione in Eredivisie con due turni di anticipo come secondo classificato in Eerste Divisie dietro all’Emmen. La permanenza in massima divisione dura però due stagioni, in quanto torna direttamente in seconda divisione nella stagione 2023-24.