Il club è stato fondato il 29 marzo 1913 da operai portuali e da pescatoriitaliani, in particolare del sud, e principalmente siracusani[1]. Questo spiega anche il motivo del simbolo dello squalo (el tiburòn in spagnolo). Il nome fu scelto unendo le sillabe iniziali dei cognomi degli ingegneri che stavano costruendo il porto locale: Allard, Doulfus, Sillard e Wiriott. Si formò il nome Aldosiwi, con la lettera w ispanizzata in v, e nacque ufficialmente il Club Atlético Aldosivi.
Inizialmente, i colori sociali erano azzurro, bianco e rosso, per poi adottare il giallo e il verde, mantenuti fino a oggi.
Fino al 1970 l'Aldosivi militò nelle divisioni locali di Mar del Plata. Nel 1979, a seguito di gravi problemi finanziari, vi fu la fusione con altri due club locali, il Banfield e il Talleres, e il nuovo club fu chiamato Defensores del Puerto, ma riacquisì la denominazione Aldosivi dopo soli due anni.
Nel 1995 approda al Torneo Argentino A, divisione regionale della terza serie argentina. Nel 1996 viene promosso in Primera B Nacional, nella quale disputa 4 stagioni, prima di tornare in terza serie nel 2000. Dopo un altro periodo di 5 anni, torna in seconda divisione nel 2005.
Nel 2014 si classifica quinto in rimonta a pari punti con Nueva Chicago e Gimnasia de Jujuy. Costretto a giocare un triangolare per decidere quali delle due squadre su tre saliranno in Primera División, impatta zero a zero con Los Toritos de Mataderos nella prima giornata, per poi imporsi per una rete a zero nella seconda e decisiva gara contro il Gimnasia e ottenere l'accesso definitivo alla massima categoria.