Debutta da professionista nel 2001 con l'FK Zemun, con cui milita, segnando anche 20 gol, fino al gennaio del 2006 quando viene ingaggiato dalla Stella Rossa, con cui vince due campionati serbi (2006 e 2007), una Coppa di Serbia e Montenegro (2006), e una Coppa di Serbia (2007).
Nel 2009 si trasferisce al Wolverhampton, nel suo primo anno in Inghilterra colleziona 19 presenze e due reti.
Il 30 agosto del 2012 il Wolverhampton ha ufficializzato la rescissione consensuale del contratto con Nenad Milijas. Il giocatore ha lasciato dunque il club inglese dopo tre anni ed è stato poi ingaggiato dalla Stella Rossa.
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Jugoslavia
Serbia (dal 2006)
Stella Rossa (Giovanili)
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Wikimedia Commons contiene immagini o altri file su Nenad Milijaš
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