Nella stagione 2006-2007 la squadra biancoscudata si piazza al 7º posto nel girone A del campionato di Serie C1, con un solo punto raccolto nelle ultime tre giornate, che ha precluso l'aggancio alla zona Play-off. Nel girone di andata i patavini hanno raccolto 19 punti, terminandolo appena sopra la zona retrocessione, e sono stati allenati da Maurizio Pellegrino. Nel girone di ritorno è stato deciso di cambiare allenatore, in panchina è arrivato Andrea Mandorlini che cambia la musica in campo, il Padova raccoglie 31 punti, con una entusiasmante rimonta, sfiorando i Play-off. Nella Coppa Italia di Serie C il Padova esce nel girone C di qualificazione, che ha promosso il Bassano, vincitore del girone con 10 punti, proprio davanti ai patavini imbattuti, con 8 punti. Tre i cannonnieri di stagione in campionato, ognuno con un bottino di sei reti Davide Sinigaglia Michele Tarallo e Giampietro Zecchin, poi Cristian La Grottería, Orazio Russo e Manuel Turchi con tre reti, mentre hanno firmato una rete a testa Giuseppe Anaclerio, Paolo Cotroneo, Alessandro Mastronicola, Paolo Facchinetti, Crocefisso Miglietta, Luca Rossettini e Michele Zeoli.
^Giornata spostata all'11 marzo 2007, per lutto e condanna dei gravi disordini, accaduti a Catania il 2 febbraio 2007, nel dopo Catania-Palermo, nei quali ha perso la vita l'ispettore di Polizia Filippo Raciti.
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