Nella stagione 2012-2013 il Gubbio disputa per l'ottava volta nella sua centenaria storia un campionato del terzo livello del campionato italiano, dopo quello del 2010-11, che corrisponde anche al ventisettesimo in un campionato professionistico e al quarantottesimo in un campionato interregionale. Il Gubbio in questa stagione, continua a essere la seconda squadra umbra, solo dopo la Ternana, che partecipa consecutivamente da più anni a campionati professionistici. Inoltre è la prima volta che disputa un campionato professionistico a 16 squadre con 3 punti assegnati alla vittoria. Durante il campionato ottenne inoltre l'ottavo posto e i seguenti record per i propri campionati professionistici disputati con i tre punti per vittoria:
maggiore numero di gol in una partita: 7 (eguagliando il record precedente) in Catanzaro-Gubbio (5-2)
peggiore serie di sconfitte consecutive nello stesso campionato: 5
Nel campionato disputato ottenne invece i seguenti record:
maggiore numero di gol in una partita: 7 in Catanzaro-Gubbio (5-2).
Disputa inoltre per la sesta volta la Coppa Italia (dopo quella dell'anno precedente) uscendo al primo turno, e ottenendo il record di maggior numero di gol (9) in una partita del Gubbio nella competizione; tale partita finì infine per la prima volta ai tempi supplementari. Infine nella competizione il Gubbio ha ottenuto il record di partita con maggior numero di gol 9, nella gara Gubbio-Ponte San Pietro-Isola (4-5) e il record di maggior numero di gol subiti in casa in una partita 5, sempre nella stessa partita. Una volta eliminato dalla Coppa Italia, il Gubbio ha potuto partecipare di diritto alla Coppa Italia Lega Pro (la diciannovesima nella storia dopo quella del 2010-11), nella quale ha superato il primo turno battendo (1-4) il Chieti, mentre è uscito nel secondo turno (0-2) per mano dell'Aprilia. Con questa partecipazione alla Coppa di Lega Pro il Gubbio continua a essere la seconda squadra umbra con più partecipazioni dopo la Ternana.
Il fornitore ufficiale di materiale tecnico fu Givova, mentre lo sponsor ufficiale fu Barbetti. Il Gubbio in questa stagione utilizzò per le partite casalinghe completini da gioco costituiti da magliette divise (rispetto a chi le indossa) di colore rosso a destra e blu a sinistra, con tutto lo schienale speculare, le maniche invertite, calzoncini blu con bordature rosse, e calzettoni blu con bordature rosse. Per le partite in trasferta utilizzò completini interamente bianchi, con linee blu nella parte a destra della maglietta e linee rosse a sinistra; bordature dei calzoncini invece rosse a destra e blu a sinistra[2].