Nowatzke fu scelto dai New York Jets nel corso del primo giro (4º assoluto) del Draft AFL 1965 e dai Detroit Lions come 11º assoluto nel Draft NFL 1965.[1] Optò per firmare con i Lions e vi giocò fino al 1969, con un massimo in carriera di 512 yard corse e 6 touchdown nel 1966. Nel 1970 passò ai Baltimore Colts con cui vinse subito il Super Bowl V, segnando un touchdown nella finalissima contro i Dallas Cowboys. Si ritirò dopo la stagione 1972.
^(EN) Pro Football Draft History: 1965, Pro Football Hall of Fame. URL consultato il 6 aprile 2013 (archiviato dall'url originale il 25 settembre 2013).