Nella stagione 2015 il FK Trakai ha disputato la A Lyga, massima serie del campionato lituano di calcio, terminando il torneo al secondo posto con 84 punti conquistati in 36 giornate, frutto di 27 vittorie, 3 pareggi e 6 sconfitte, qualificandosi alla UEFA Europa League 2016-2017. Nell'autunno 2015 è sceso in campo a partire dagli ottavi di finale della Lietuvos Taurė 2015-2016, competizione che ebbe il suo epilogo nel corso della stagione 2016 con la sconfitta in finale del Trakai patita ad opera dello Žalgiris. Sempre nell'autunno 2015 ha partecipato alla UEFA Europa League, superando al primo turno preliminare i faroesi dell'HB Tórshavn, ma venendo poi eliminati al secondo turno preliminare dai ciprioti dell'Apollōn Lemesou.