L’Ankaran Hrvatini è stata fondata il 18 ottobre 1966 nella piccola città di mare di Ancarano, non lontano da Capodistria e dal confine italiano. Fino al 2016, il club ha ospitato le partite casalinghe nello stadio KKR Katrina ad Ancarano e, a causa delle necessità di uno stadio più grande, si è trasferito poi allo Stadio Bonifika a Capodistria. Nella prima partecipazione al massimo campionato sloveno, invece, le partite si sono giocate al centro sportivo "Dravograd".
Fino al 2013, l’Ankaran ha giocato nei campionati sloveni minori, poi è stato promosso nella seconda lega slovena, dove è rimasto per 4 stagioni, e con buone prestazioni è stato promosso nella Prva slovenska nogometna liga per la stagione 2017-2018. Tuttavia, la sua prima apparizione nel massimo campionato viene conclusa con l’ultimo posto in classifica con soli 26 punti conquistati, frutto di 20 sconfitte, 11 pareggi e soltanto 5 vittorie in 36 partite.