La squadra disputa un campionato abbastanza convincente e sembra garantirsi la qualificazione alla Champions League successiva con un tranquillo quarto posto, ma tra il mese di maggio e i primi di giugno incappa in delle sconfitte che la vedono essere riavvicinata in classifica dal Barcellona. Dopo aver perso l'occasione di qualificarsi direttamente alla massima competizione continentale a causa della sconfitta nella finale della medesima, i pipistrelli incontrano all'ultima giornata il Barcellona in una trasferta ostica al Camp Nou, con i blaugrana a -3 e che devono assolutamente vincere per qualificarsi a scapito dei Valenciani per la differenza reti. Al Valencia basterebbe un pareggio, ma i blaugrana, spinti dal pubblico e da un Rivaldo in grandissima forma, vincono l'incontro per 3-2, con una tripletta del brasiliano che risolve l'incontro al 90' con una spettacolare rovesciata. La squadra di Cúper, prossimo a diventare allenatore dell'Inter, deve accontentarsi dunque del quinto piazzamento e della qualificazione in Coppa UEFA. In Coppa Nazionale il Valencia viene estromesso al secondo turno.