L'Unión Deportiva Logroñés fu fondata nel 1967, come Club Deportivo Varea.
Al termine della stagione 2008-2009, a seguito della prima promozione in Segunda División B, la società assume il nome attuale, per meglio rappresentare il capoluogo della regione, rimasto nel frattempo senza società calcistiche nel panorama professionistico spagnolo.