Le qualificazioni del doppio allo Stuttgart Super 9 1999 sono state un torneo di tennis preliminare per accedere alla fase finale della manifestazione. I vincitori dell'ultimo turno sono entrati di diritto nel tabellone principale. In caso di ritiro di uno o più giocatori aventi diritto a questi sono subentrati i lucky loser, ossia i giocatori che hanno perso nell'ultimo turno ma che avevano una classifica più alta rispetto agli altri partecipanti che avevano comunque perso nel turno finale.
Le qualificazioni del doppio dello Stuttgart Super 9 1999 prevedevano 4 coppie partecipanti di cui una è entrata nel tabellone principale.
Richard Fromberg / 
Ivan Ljubičić
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- w/o = Walkover
- r = Ritirato
- d = Squalificato
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- (EN) Tabelloni, su itftennis.com. URL consultato il 3 agosto 2013 (archiviato dall'url originale il 18 maggio 2014).
Tennis
Gastón Gaudio / 
Richard Fromberg
Ivan Ljubičić
Gastón Gaudio