Nella stagione 2012-2013 il Levski Sofia ha disputato l'A PFG, massima serie del campionato bulgaro di calcio, terminando la stagione al secondo posto con 71 punti conquistati in 30 giornate, frutto di 22 vittorie, 5 pareggi e 3 sconfitte, venendo superato in testa alla classifica dal Ludogorec all'ultima giornata di campionato. Grazie a questo piazzamento è stato ammesso al primo turno preliminare della UEFA Europa League 2013-2014. Nella Kupa na Bălgarija il Levski Sofia è sceso in campo dal secondo turno, raggiungendo la finale del torneo dove è stato sconfitto dal Beroe dopo i tiri di rigore. In UEFA Europa League il Levski Sofia è sceso in campo dal secondo turno preliminare, venendo subito eliminato dai bosniaci del Sarajevo.