• Mission 1. Magical Five
• Mission 2. The Force of the Magical Girl
• Mission 3. Another One of the Magical Girls

• Mission 4. Illegal Magical Girl
• Mission 5. Prisoner Abuse
• Mission 6. Engage
• Mission 7. Mighty Talon
• Mission 8. Magic Squad

• Mission 9. Cube
• Mission 10. Dream and Reality
• Mission 11. American Heroine
• Mission 12. Bloody Strategy

• Mission 13. You are Definitely Becoming a Lovely Magical Girl
• Mission 14. Whiplash
• Mission 15. To the Ready
• Mission 16. Fight for Life Part 1
• Mission 17. Fight for Life Part 2

• Mission 18. Fight for Life Part 3
• Mission 19. Fight for Life Part 4
• Mission 20. Fight for Life Part 5
• Mission 21. Fight for Life Part 6
• Mission 22. Fight for Life Part 7

• Mission 23. Fight for Life Part 8
• Mission 24. Bitter Victory
• Mission 25. Summer
• Mission 26. Festival

• Mission 27. Broken Arrow
• Mission 28. Trust
• Mission 29. Magical Girls and Panzer
• Mission 30. Steel Storm

• Mission 31. Bad communication
• Mission 32. Resurrection
• Mission 33. Dragon Slayer Part 1
• Mission 34. Dragon Slayer Part 2

• Mission 35. Shock and Awe
• Mission 36. Deep Diver
• Mission 37. Brainwash
• Mission 38. The Raid

• Mission 39. Beautiful
• Mission 40. Saving Phoenix Tamara Part 1
• Mission 41. Saving Phoenix Tamara Part 2
• Mission 42. Saving Phoenix Tamara Part 3

• Mission 43. Drastic Treatment
• Mission 44. Girls' Life
• Mission 45. Carrot and Stick
• Mission 46. Beginning of the End
• Mission 47. Surprise Attack

• Mission 48. Fierce Battle Part 1
• Mission 49. Fierce Battle Part 2
• Mission 50. Fierce Battle Part 3
• Mission 51. Resurrection Part 1

• Mission 52. Resurrection Part 2
• Mission 53. Resurrection Part 3
• Mission 54. Resurrection Part 4
• Mission 55. Resurrection Part 5
• Mission 56. Breakthrough to Utopia

• Mission 57. Climax Part 1
• Mission 58. Climax Part 2
• Mission 59. Climax Part 3
• Mission 60. Climax Part 4
• Mission 61. I Want to Gome Home With You
• Last Mission. Finally, smile.
• Confidential File No.00

Nel 2016, delle creature interdimensionali note come Disas attaccano la Terra, ma l'umanità con l'aiuto di un'altra specie interdimensionale riesce a contrastarle scoprendo la magia. Undici ragazze magiche appositamente addestrate allo scopo sconfiggono i Disas e pongono fine alla guerra, ma il prezzo da pagare è la morte di sei di loro. Tre anni dopo Asuka, una delle superstiti, ha chiuso per sempre con la vita da ragazza magica, e trasferitasi in una nuova scuola fa amicizia con due ragazze, l'esuberante Nozomi e la timida Sayako. Proprio Sayako, tuttavia, si ritrova coinvolta suo malgrado in un tentativo di evasione del pericoloso terrorista Kim Kanth, e a quel punto Asuka, malgrado avesse più volte rifiutato la richiesta delle JSDF di unirsi ad una speciale unità antiterrorismo magica guidata dal suo vecchio comandante Yoshiaki, accorre ad aiutarla, arrestando il terrorista e consegnandolo nuovamente alle autorità.

Kim finisce nelle mani di una sezione segreta della polizia giapponese guidata da Akinori, il padre di Nozomi, che a forza di torture lo interroga per tentare di scoprire chi vi sia dietro un contrabbando internazionale di manufatti magici che sta portando alla nascita di maghi non autorizzati arruolati nelle file dei terroristi. Nel mentre Asuka aiuta Sayako a superare il trauma provocatole dall'attacco terroristico di cui è stata testimone, ma quando un Disas creato artificialmente appare all'improvviso a Shinjuku, la ragazza decide nuovamente di trasformarsi ed affrontarlo. Nel mezzo dello scontro, Asuka riceve anche l'aiuto della sua vecchia compagna Kurumi, una maga specializzata in incantesimi curativi, che passata la minaccia decide di trasferirsi nella classe di Asuka per restarle vicina.

Mia Cyrus, un'altra delle cinque maghe sopravvissute alla guerra coi Divas e ora al servizio della CIA, sgomina un cartello della droga messicano a Tijuana, solo per scoprire che in realtà il traffico di droga serviva solo come copertura per quello dei manufatti magici. In una stanza poi viene trovato un ostaggio, il matematico Leonid Greenberg, che però fa solo in tempo a nominare una misteriosa "Brigata Babele" prima che un ignoto mago lo uccida brutalmente. La stessa brigata viene menzionata anche da Kim Kanth, il quale rivela al padre di Nozomi che chiunque vi sia dietro questa entità sta puntando alle ragazze magiche. Ignare di tutto ciò, Asuka e le altre passano una piacevole giornata in piscina, ma durante il ritorno a casa Nozomi viene sequestrata da un trio di maghi guidato dalla sadica Abigail.

Abigail e i suoi complici sottopongono Nozomi a torture inumane usando la magia, il tutto al fine di preparare una trappola per le ragazze magiche. Suo padre supplica i superiori di intervenire, ma le alte sfere preferiscono invece lasciare Nozomi al suo destino, certi che la sua morte avrà un tale eco nell'opinione pubblica da spingere il governo ad aumentare i fondi destinati al contrasto al terrorismo magico. A quel punto, incuranti delle disposizioni dei superiori, Asuka e Kurumi decidono di fare da sole, e con il silenzioso sostegno di Yoshiaki localizzano facilmente il luogo dove è tenuta prigioniera Nozomi cadendo nella trappola di Abigail, che intende catturarle per ordine del suo capo, la misteriosa Regina. Così, mentre Kurumi porta al sicuro Nozomi inseguita da Abigail, Asuka se la deve vedere con i suoi due complici russi, Stroghil e Pobur.

Stroghil and Pobur vengono eliminati da Asuka senza eccessiva difficoltà, mentre Kurumi ha appena il tempo di curare Nozomi prima di doversela vedere con Abigail, che evoca due Disas per assisterla nello scontro. La differenza di forza tra le due è notevole, ma all'ultimo Kurumi viene salvata dall'arrivo dell'unità scelta di Yoshiaki, la M Squad, formata da umani addestrati ed equipaggiati per combattere i maghi. Abigail si ritrova quindi messa all'angolo, ancor di più quando Asuka arriva finalmente in aiuto dei compagni, menomando l'avversaria e portandole via tre dita per vendicare gli orrori inferti a Nozomi. Sfortunatamente Abigail viene portata in salvo dalla Regina prima di ricevere il colpo di grazia, ma la sua comparsa provoca in Asuka un senso di déjà vu. Purtroppo, se le ferite fisiche di Nozomi possono essere guarite, quelle della mente sono a prima vista insanabili, con la ragazza devastata da un DPTS che la condizionerà a vita. Kurumi suggerisce di cancellarle la memoria dell'ultima settimana, anche se ciò vorrà dire per Asuka, che decide infine di entrare nella M Squad, dover ricostruire da capo il suo rapporto con lei. Inoltre, Yoshiaki suggerisce di allontanare Nozomi dalla città e metterla sotto protezione con una nuova identità, ma i vertici delle JSDF decidono al contrario di lasciare la situazione invariata, sia perché la vicinanza ad Asuka e Kurumi dovrebbe bastare a proteggerla, sia perché ora che la ragazza è diventata un bersaglio sarà possibile usarla come esca per stanare i terroristi.

Mentre Asuka e le altre trascorrono un Tanabata in tranquillità, Mai e la sua squadra arrivano in Giappone per seguire le tracce di Jerome, il fratello dell'uomo trovato a Tijuana. L'uomo viene rintracciato nel suo appartamento a Tokyo, ma una volta lì la ragazza e i suoi due compagni lo trovano già morto, ucciso in circostanze simili alla prima vittima. Inoltre, nello specchio del bagno viene trovata una scritta impressa con il rossetto, che Mai riconosce come il motto dell'unità magica di cui faceva parte (Ride bene chi ride ultimo!), confermando quindi che chiunque vi sia dietro questi omicidi è in qualche modo legato al gruppo. Mentre è ancora in corso un'ispezione, i tre vengono attaccati da Sandino, una guerrigliera colombiana diventata una ragazza magica illegale per vendicare la morte della sua famiglia, uccisa da un bombardamento indiscriminato americano durante la guerra coi Disas. Nonostante un'iniziale difficoltà, Mai riesce a sconfiggere la sua avversaria, uccidendola a sangue freddo quando capisce di non poterle estorcere informazioni. In precedenza, Sandino aveva conosciuto anche Asuka (che ignorava chi lei fosse realmente), e proprio a seguito dell'incontro con lei la ragazza si risolve infine ad usare i suoi poteri per proteggere le persone a cui tiene, trovando così un nuovo scopo nella vita.

La classe di Asuka e Kurumi si prepara a trascorrere una vacanza estiva ad Okinawa. Nel mentre, però, i servizi segreti giapponesi scoprono che la mafia ha inviato una sua squadra proprio ad Okinawa con l'intenzione di usare un Random Bridge, un collegamento momentaneo tra universi paralleli, per rifornirsi di oggetti magici di contrabbando, offrendo in cambio quattro giovani giapponesi chiesti espressamente dall'altra fazione. L'M Squad, a cui Asuka si unisce per la prima volta sul campo, si reca quindi sul posto, ma al loro arrivo l'affare si è già concluso; a quel punto, tutto ciò che Asuka e i suoi compagni possono fare è occuparsi dei mafiosi, che supportati anche da una ragazza magica, Nazani, oppongono però una decisa resistenza. A fatica l'M Squad riesce a prevalere, oltre a cattutare viva la ragazza magica per poterla interrogare, ma il loro comandante riesce a teletrasportarsi lontano dal campo di battaglia assieme ad un manufatto particolarmente prezioso fino a Wakkanai, nell'estremo nord di Hokkaido. Una volta qui, però, l'uomo si trova a dover fare i conti con Tamara, alias Phoenix, una delle cinque superstiti della Guerra Disas, inviata lì dai servizi segreti russi per recuperare i manufatti magici contrabbandati. Il mafioso, come estremo tentativo di riuscire a fuggire, si trasforma in un Disas, venendo però facilmente sconfitto, ma prima di morire avvisa Phoenix che preso tutto il mondo conoscerà la forza e le ragioni della Brigata Babele. Poco dopo, a Naha, altri due terroristi affiliati alla brigata, tra cui l'ex bambino-soldato Giess, il cui spirito vive ora all'interno di un enorme corpo biomeccanico, ricevono l'ordine di "occuparsi di una ragazza", Chisato.

Alcuni anni prima, la madre di Chisato rimase uccisa in un incidente stradale, e nella stessa occasione la ragazza perse una gamba. L'evento, oltre a mandare in frantumi il sogno della ragazza di emergere come karateka, distrusse anche il suo equilibrio mentale e la sua famiglia; il padre, già instabile di suo, divenne infatti un alcolista, sottoponendo la figlia a continui maltrattamenti e arrivando a tentare di venderla ad uno strip club pur di guadagnare i soldi per pagarsi da bere. Una sera, durante l'ennesimo maltrattamento, Giess irrompe in casa di Chisato, trucidando il padre e offrendo alla ragazza una gamba meccanica con cui camminare di nuovo, a condizione che lei si unisca alla Brigata Babele come ragazza magica. Senza esitazioni Chisato accetta la proposta, legandosi in maniera morbosa a Giess per averle permesso di camminare di nuovo e rivelando in breve tempo tutto il suo potenziale come ragazza magica. L'ultima prova che Chisato deve affrontare prima di essere ammessa ufficialmente nella Brigata consiste nell'uccidere con le sue mani i quattro giovani responsabili dell'incidente che aveva distrutto la sua famiglia (che si rivelano essere i quattro prigionieri usati dalla mafia russa come merce di scambio nel precedente episodio, provando così che la Brigata è in combutta con i criminali provenienti dall'altra dimensione), compito che la ragazza esegue con estremo piacere. Nel mentre, Kurumi interroga Nazani, sottoponendola a torture brutali per estorcerle informazioni al solo scopo di risultare utile ad Asuka, rivelando così la propria natura malevola e sadica risultato di anni di bullismo. Quindi, le due ragazze lasciano nuovamente le proprie compagne di classe per unirsi alla M Squad, che assieme a Mia e Tamara si prepara a svolgere servizio di sicurezza nel corso del Sesto Meeting per il Commercio Interdimensionale che si svolgerà di lì a breve proprio a Naha, a cui prenderanno parte i più importanti leader di entrambi i mondi. Quello che tutti ignorano, però, è che la Brigata sta pianificando un devastante attentato da compiersi proprio in occasione del meeting.