Nell'Egitto Faraonico è iniziata una nuova era: un periodo di pace e prosperità segnato dalle nozze fra Hatshepsut (discendente, per via materna, dei fondatori della XVIII dinastia) ed il fratellastro Seti, figlio di Thutmose I e di una sposa minore; il matrimonio è avvenuto esclusivamente per motivi politici: servirà a legittimare Seti come erede al trono con il nome di Thutmose II.

Nonostante tenga una maschera da moglie perfetta, in realtà, Hatshepsut prova una rabbia profonda, dal momento che l'essere nata donna le ha impedito di ereditare lei stessa il titolo. L'incontro con Tabia, una danzatrice che sarebbe presto diventata la sua ancella prediletta, segna per lei un punto di svolta: apprende infatti l'uso della seduzione per ottenere quello che desidera; tale strategia non riesce tuttavia a cancellare l'astio che Seti nutre nei suoi riguardi, sentimento che la principessa contraccambia in pieno.

Incapaci di superare il disprezzo reciproco, e invece di consumare la loro unione, i due sposi decidono di vivere momentaneamente separati e fingere un fronte comune solo durante le cerimonie pubbliche. Mentre Thutmose II si diverte nel proprio harem, avviene l'incontro tra Hatshepsut e il costruttore Senmut, che diverrà presto il suo più valido alleato.

Con Thutmose II alla guida di una spedizione punitiva nelle Terre dell'Est, Hatshepsut si reca a Karnak, in compagnia di Senmut, per far visita al complesso templare di Amon; la Regina fa così i conti con le condizioni di vita degli schiavi, molti dei quali fatti prigionieri durante le guerre in Nubia.

Nel frattempo, al palazzo, Sothis (sacerdotessa di Iside e concubina preferita di Thutmose II) uccide le altre concubine del sovrano, per dare al Faraone un erede e ottenere quindi il titolo di sposa minore. L'uccisione di così tante concubine richiama l'attenzione di Hatshepsut, la quale si reca in prima persona in visita all'harem; grazie alla testimonianza delle anziane ex-concubine dei precedenti sovrani, Sothis viene giudicata colpevole.

Con un atto di clemenza, Hatshepsut si limita a imprigionarla, risparmiandola. Prima di essere portata via, però, Sothis la mette in guardia: quella compassione che le aveva dimostrato (e di cui andava così fiera) avrebbe potuto condurla alla rovina; infatti, dopo diversi giorni, le anziane ex-concubine vengono uccise (per ordine della sacerdotessa). Sothis si rivela un importante lezione: i sentimenti possono divenire un grande ostacolo nel raggiungimento del potere.

Il ritorno di Thutmose II al palazzo ed il proliferare delle voci circa una relazione tra la Regina e Senmut portano il costruttore ad allontanarsi dalla corte, seppur a malincuore.

I sacerdoti di Amon-Ra continuano a cercare di mettere Hatshepsut in cattiva luce agli occhi di Thutmose II.

Intanto, mentre la sorella minore della Regina, la principessa Nefrubiti, ritorna a corte, Hatshepsut scopre la gravidanza di Sothis (la quale, ha perso il favore del Faraone ed è stata abbandonata a se stessa). Conscia della minaccia costituita dal figlio della donna, la Regina decide di prenderli con sé e di offrirle un accordo: la sua protezione in cambio del bambino.

Nel frattempo, giunge in Egitto una delegazione di Mitanni per siglare un accordo di pace; ancora una volta, Thutmose II si dimostra un sovrano ostile verso i nemici dell'Egitto; Hatshepsut, invece, intravede i vantaggi di una futura alleanza, possibile grazie al matrimonio tra Nefrubiti e il principe Wadi di Mitanni. Tuttavia, la nascita di Jehuty, figlio di Sothis e di Thutmose II, fa degenerare la situazione: stufo delle continue intromissioni della moglie, Thutmose II prende il bambino e lo affida a Snerseth; inoltre, rompe il fidanzamento tra Nefrubiti e Wadi, desideroso di sposare la sorella minore per assicurarsi un figlio di stirpe pura. Nel tentativo di salvare Nefrubiti (e impedire una guerra tra l'Egitto e Mitanni, per l'infrangimento dell'accordo), Hatshepsut si sottomette a Thutmose II che la violenta, facendola rimanere incinta. Mesi dopo, il Faraone parte per una nuova campagna militare contro Mitanni mentre Hatshepsut partorisce una bambina: Neferura. Per festeggiare l'occasione, Sothis le fa visita, donandole una collana intrisa di veleno.

In territorio nemico, Thutmose II si ammala di dissenteria e al suo ritorno in patria è irriconoscibile; prima che i sacerdoti di Amon-Ra possano assassinare il sovrano (ormai considerato un ingestibile, nonché, pericolosa testa calda) ed assumere la reggenza del piccolo Jehuty, Hatshepsut fa visita al fratello: dopo essere stato baciato dalla donna, Thutmose II muore (poiché, la Regina si era ricoperta le labbra con il veleno di Sothis). All'età di tre anni, il piccolo Jehuty ascende al trono con il nome di Thutmose III; data la sua giovanissima età, Hatshepsut diviene reggente del regno d'Egitto.

Cercando di limitare l'influenza dei sacerdoti di Amon-Ra sul giovane Thutmose III, Hatshepsut e il figlio partono per un viaggio lungo il Nilo. Durante una sosta ad Avaris, l'antica capitale egizia distrutta nelle guerre con gli Hyksos, la Regina esprime il desiderio di vederla restaurata come porto commerciale richiamando a corte Senmut, desiderio che incontra la ferma opposizione del capo sacerdote Snerseth e degli altri sacerdoti di Amon.

Vedendo il proprio potere sempre più minacciato, i sacerdoti di Amon-Ra decidono di affiancare a Jehuty, un generale a loro fedele: Sobek; compito dell'uomo, sarà istruire il bambino non solo nell'arte della guerra ma anche all'obbedienza alla casta sacerdotale. La Regina, allora, pensa di affiancare al figliastro, un coetaneo che possa conquistarne l'affetto: porta così a palazzo, Kheti (il figlio di una guardia nubiana).

I due bambini diventano ben presto inseparabili ma Sobek, instillando nel Faraone l'idea che la vera amicizia possa nascere solo tra individui alla pari, approfitta di un incidente durante l'addestramento per eliminare il problema: quando Kheti acceca accidentalmente Thutmose III all'occhio sinistro, l'uomo spinge il bambino ad uccidere il proprio amico per lavare l'onta subita; la menomazione e la conseguente pietà delle persone che lo circondano, rendono Jehuty sempre più collerico e ostile.

Rivedendo in lui tutti i tratti peggiori di Thutmose II, Hatshepsut allontana Sobek (considerato un'influenza negativa per il bambino ma anche per il suo desiderio di sposarla così da diventare Faraone). Mentre l'amore con Senmut riesplode, la Regina e il giovane Faraone sono ora più distanti che mai.

Hatshepsut prosegue il suo piano di creare un nuovo Egitto pacifico, presentandosi agli ambasciatori di Kush in vesti maschili. Jehuty, invece, è sempre più diffidente nei confronti degli adulti: ha intuito come lo amino solo per il potere che incarna.

Un giorno, il bambino viene avvicinato da Satiah, sacerdotessa figlia della balia Ipu: l'intento della nutrice è quello di presentargli la fanciulla come possibile concubina; Jehuty asseconda il loro piano, in attesa del momento in cui sarebbe riuscito a scalzare sia il giogo dei sacerdoti di Amon-Ra che quello della madre adottiva. Durante un viaggio nei territori Kush, Hatshepsut si imbatte nuovamente in Sobek; l'uomo, divenuto un generale delle truppe di confine, si propone alla sovrana come intermediario con i regnanti di Kush. Questi offrono alla Regina un nuovo accordo di pace (che, in seguito, si scoprirà essergli stato proposto da Sobek): se avesse partorito un figlio per ciascuno di loro, gli attacchi ai villaggi di confine sarebbero cessati. Hatshepsut finge di prendere in considerazione la loro proposta; durante la notte, però, fa rapire i principi di Kush per costringere i loro parenti a cessare ogni conflitto con l'Egitto e ad intensificare con esso, gli scambi commerciali. Hatshepsut ha appreso una nuova lezione: spesso, il fine giustifica anche i mezzi più duri.

Nella capitale, intanto, Jehuty conosce il sacerdote Hapuseneb. Facendo leva sul senso di colpa del sovrano per la morte di Kheti, l'uomo invita Thutmose III a cercare il proprio cammino lontano dalla protezione della vita a corte: l'Egitto avrà sempre bisogno di un Faraone forte e determinato a guidarlo. Tali parole, spingono il bambino ad abdicare e a trasferirsi a Menfi; Hatshepsut, tornata a corte, conferma però la carica del figliastro.

Innanzi alle facce sbigottite dei sacerdoti di Amon-Ra, si dichiara Faraone, pronta a ricoprire tale ruolo fino al ritorno di Jehuty e bandisce dalla corte, Snerseth (essendo sempre stato una spina nel fianco, per lei). Nel cuore della notte, mentre sta cavalcando via, il furibondo sacerdote progetta di vendicarsi, compiendo un Colpo di Stato che si concluderà con la cessione del trono al giovane Thutmose III, tuttavia, viene raggiunto e catturato da un sicario mascherato che, prima di ucciderlo, gli rivela la propria identità: Hatshepsut stessa. Il giorno seguente, insieme a Neferura ed ornata delle insigne reali, Hatshepsut si presenta al popolo nelle vesti del primo sovrano femminile del Paese.

Sono trascorsi cinque anni dalla partenza di Jehuty e alla corte di Hatshepsut giunge dalla Nubia, il commerciante Panehesi. La scaltrezza e le conoscenze di Panehesi convincono ben presto la Regina ad affidargli il controllo degli scambi navali, il quale è sinceramente affascinato dal Faraone donna. La vicinanza di Panehesi incrina, tuttavia, il rapporto tra il Faraone e Senmut: l'architetto non riesce a comprendere la necessità di Hatshepsut di indossare abiti maschili e mutilare la propria femminilità con sanguinosi atti di guerra.

Durante la celebrazione per l'inaugurazione del Tempio di Mut a Karnak, Senmut presenta alla sua sovrana una statua della dea con le fattezze femminili della stessa Hatshepsut. Sebbene questo lusinghi, in un primo momento, la donna, una riflessione di Panehesi la fa meditare sull'immagine che vuole trasmettere al popolo: per un Egitto pacifico, Hatshepsut non può essere un uomo o una donna ma solo il Faraone, ossia, un ideale divino che trascenda qualsiasi elemento terreno.

Con il cuore spezzato, Hatshepsut decide di interrompere la sua relazione con Senmut e lo allontana da palazzo. Intanto, Jehuty (ormai dodicenne), comunica ai suoi seguaci, la sua intenzione di arruolarsi nell'esercito per dare nuovo lustro alla potenza egizia, scegliendo Menfi come propria residenza ufficiale e preparandosi a riconquistare il trono.

L'Egitto è ufficialmente diviso in due stati: l'Alto Regno (con capitale Tebe), sotto il controllo di Hatshepsut, e il Basso Regno (con capitale Menfi), sotto il controllo di Thutmose III.

Il faraone dodicenne inizia ben presto a dimostrare le sue doti militari, guadagnandosi il rispetto e la lealtà incondizionata dell'esercito. Il suo animo ardito incontra il favore del sacerdote Hapuseneb, che spera in una possibile unione fra il sovrano e Neferura. La principessa, con la madre lontana a difendere i confini e spalleggiata da Senmut, inizia ad apprendere l'arte di governo dimostrando subito una spiccata attitudine per la politica.

Intanto a Menfi, desideroso di mostrare le proprie capacità militari, Thutmose III e i suoi più fidi compagni organizzano una battuta di caccia all'ippopotamo sulle rive del Nilo. Accortasi dell'assenza del sovrano, nel cuore della notte, Satiah dà l'allarme e segue il proprio promesso sposo. Vedendo un cucciolo di ippopotamo, Jehuty pensa di utilizzarlo come esca per attirare un esemplare adulto; ben presto, però, viene attaccato dalla madre dell'animale e solo l'intervento di Satiah e di alcuni servitori riesce ad evitare il peggio. Tuttavia, una volta che il mammifero è stato allontanato, l'imbarcazione di Satiah viene assaltata da alcuni coccodrilli; mentre Jehuty viene portato in salvo, la sacerdotessa soccombe al proprio destino.

Senmut porta a termine la costruzione dell'obelisco in onore di Hatshepsut, creando un'opera tanto magistrale da guadagnarsi l'onore di poter costruire la propria tomba ai piedi di Deir el-Bahari, ossia, il luogo dove sorgerà il tempio funerario del Faraone. Tuttavia, questo non basta ad allentare la tensione fra l'architetto e la Regina che (preoccupata per l'influenza che l'uomo esercita su Neferura) lo invia sulla costa occidentale, proibendo alla figlia di raggiungerlo.

L'allontanamento di Senmut, causa l'incrinarsi del rapporto tra le due: istigata da colui che considera come un padre, Neferura decide di prendere parte a un Colpo di Stato ordito dallo stesso Senmut, colpo che avverrà durante la festa di Opet, ricorrenza sacra la quale prevede che il Re e la Regina sfilino davanti al popolo per celebrare gli dei Amon-Ra e Mut. Il piano di Senmut è quello di far fuggire la principessa in modo da rovinare la cerimonia: così facendo, infatti, avrebbe distrutto l'immagine divina del Faraone, con la speranza che ella potesse finalmente tornare ad essere soltanto una donna. Purtroppo però, durante la sua fuga, la principessa viene intercettata da ignoti e uccisa. Senmut viene quindi arrestato e condannato a morte ma Hatshepsut lo aiuta a fuggire dal Paese con la collaborazione del fidato Panehesi.

Cinque anni più tardi, Thutmose III, ormai diciottenne, viene nominato comandante supremo dell'esercito egizio: le sue imprese e i successi militari colpiscono i sacerdoti di Amon-Ra che, guidati dal visir Hapuseneb, iniziano la ricerca di una moglie degna del principe. La loro attenzione ricade su Meryet: la ragazza inizialmente è restia all'idea di sposarsi ma resta affascinata dalla storia di Hatshepsut, la donna che ha saputo imporsi in una società dove non le era permesso regnare. In visita a Tebe per conoscere la Regina, Meryet si invaghisce di lei e le chiede di diventare la sua nuova "sposa del Dio", venendo tuttavia respinta dal Faraone.

Non arresasi al rifiuto del Faraone, Meryet si reca alla selezione della moglie del principe; notata da Jehuty, viene scelta come futura consorte (tuttavia, le confessa che il loro sarà solo un matrimonio di facciata, in quanto il principe è ancora innamorato di Satiah). La Regina, in viaggio lungo il Nilo per celebrare la dea Mut, raggiunge il figlio a Menfi. Meryet è ancora decisa a voler diventare la sposa del Faraone, pertanto Hatshepsut le propone di trasferirsi a Tebe a studiare al tempio di Mut, così da diventare la migliore sacerdotessa del tempio e ottenere il titolo di sposa del Dio.

Nel frattempo, prima di trasferirsi con la sua famiglia a Ermonti, Senmen si reca da un Hapuseneb ormai anziano e costretto a letto per dirgli addio. Prossimo alla fine, il visir confessa di essere il mandante dell'omicidio della principessa Neferura e afferma di averlo fatto per il bene del Paese: se il Colpo di Stato ordito da Senmut fosse andato a buon fine, disordini e spargimenti di sangue avrebbero afflitto l'intero regno. Distrutto, Senmen corre dal Faraone a rivelarle la verità ma, prima che la giustizia della Regina possa abbattersi sul sacerdote, questi si è già suicidato col veleno.

Passano altri quattro anni e la malattia alle ossa di Hatshepsut si fa sempre più grave. Il Faraone tuttavia rifiuta di rinunciare alla festa di Sed, cerimonia atta a dimostrare l'ancora valida vigoria fisica del sovrano. Seppur a fatica, la Regina celebra con successo il rito ma alla fine cede alla malattia e sviene, restando inerme per giorni. Un anno più tardi, Meryet completa i propri studi; lei e Jehuty vengono finalmente incoronati Regina e Re d'Egitto: finisce così l'era del Faraone Hatshepsut, che muore nel 1458 a.C.

Quarant'anni dopo la sua morte, il nome della Regina è stato quasi completamente dimenticato dal popolo egizio; tramite l'anziano sacerdote di Amon-Ra, Wahtye (ex-discepolo di Hapuseneb), si scopre che il motivo di tale dimenticanza è dovuta al fatto che circa dieci anni prima, durante il regno di Amenhotep II (secondogenito di Thutmose III), Hatshepsut subì la damnatio memoriae a seguito di un tragico episodio: Amenemhat (primogenito di Thutmose III) sarebbe dovuto diventare Faraone ma morì in circostanze misteriose prima che potesse riuscirci; la corte pensò ad un omicidio e sospettò della sua sorella (e promessa sposa) Baketamon, la quale negò le accuse ma senza venir creduta. Per mettere fine alle tensioni, la Regina Meryet si ritirò dalla vita pubblica e promise che nessuna delle proprie figlie (tra cui Baketamon) si sarebbe mai occupata di politica, mentre gli uomini di corte, conoscendo l'avversione della principessa al matrimonio col fratello, la sua ammirazione per la celebre nonna e la storia della Regina stessa, decisero di distruggere ogni ricordo materiale di Hatshepsut (affinché non istigasse mai più nessuna principessa egizia ad assassinare il proprio sposo, così da assumere lei stessa il governo del regno).

La storia, tuttavia, si conclude con la speranza dell'anziano sacerdote «che il nome e l'operato del Faraone donna vivano in eterno come le stelle imperiture».