Nella stagione 2014 il FK Atlantas ha disputato la A Lyga, massima serie del campionato lituano di calcio, terminando il torneo al terzo posto con 65 punti conquistati in 36 giornate, frutto di 19 vittorie, 8 pareggi e 9 sconfitte, qualificandosi alla UEFA Europa League 2015-2016. Nell'autunno 2014 è sceso in campo a partire dal quarto turno della Lietuvos Taurė 2014-2015, raggiungendo e perdendo la finale del torneo, che ebbe il suo epilogo nella stagione 2015. Sempre nell'autunno 2014 ha partecipato alla UEFA Europa League: al primo turno preliminare eliminò in rimonta i lussemburghesi del Differdange, mentre al secondo turno preliminare venne eliminato dai kazaki dello Shakhter Karagandy.