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Flora Huayaquilensis è una raccolta di documenti, realizzata dal medico e studioso ecuadoriano Eduardo Estrella Aguirre sulla spedizione botanica di Juan José Tafalla Navascués dal 1799 al 1808.

Una delle prime spedizioni in Sud America da parte di uno spagnolo per documentare piante del luogo fu realizzata da Juan Tafalla le cui opere andarono perdute per 200 anni. Il dottor Estrella riuscì a trovarle nell'archivio del Real Jardín Botánico de Madrid nel 1985, dove rintracciò la documentazione della "Divisione IV" corrispondente alla spedizione di Ruiz e Pavon in Perù e Cile, trovando innumerevoli descrizioni di piante la cui origine corrisponde ai luoghi appartenenti alla Reale Raccolta Pubblica di Quito.

Il lavoro presso l'archivio del Real Jardín Botánico de Madrid fu arduo e faticoso in quanto richiese quasi tre anni per il suo completamento. A Madrid il dottor Estrella continuò le sue osservazioni in archivio ottenendo le prove che, per almeno alcuni anni, il botanico Juan Tafalla e i suoi compagni avevano esplorato questi luoghi in maniera sistematica.

I fogli erano numerati e contenevano la misteriosa sigla FH e differivano da altri che non corrispondevano alla flora della Corte Reale, e che riportavano la sigla FP. Ancora non vi era niente di chiaro, e vi erano prove sufficienti per ritenere che fosse la traccia di qualcosa di importante e questo portò alla pubblicazione della Flora Huayaquilensis, dopo 200 anni, dandone il merito alla spedizione di Juan Tafalla.^[1][2][3]

• Medicina Aborigen. Quito: Ed. Epoca, 1977. 239 p. (Reimpresión 1978) Aboriginal medicine practiced in the Ecuadorian mountains.
• Medicina y Estructura Socio-Económica. Quito: Ed. Belén, 1980. 392 p. (Reimpresión 1981) Medicine and Socio-Economic Structure.
• Estudios de Salud Mental. Quito: Ed. Belén, 1982. 230 p. Mental Health Studies
• El Pan de América. Madrid: Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), 1986. 400 p. (II. Edición. Quito: Ed. Abya-Yala, 1988; III Edición. Quito: Ed. Abya-Yala, 1990). Bread of America: ethnohistory of the indigenous food in Ecuador.
• José Mejía: Primer Botánico Ecuatoriano. Quito: Ed. Abya-Yala, 1988. 100p. Jose Mejia, the first Ecuadorian botanist.
• Flora Huayaquilensis de Juan Tafalla. (Investigación, Estudio Histórico Anotaciones y Edición). Madrid: Instituto para la Conservación de la Naturaleza (ICONA)-Real Jardín Botánico, 1989. 2 vols. II Edición Guayaquil: Jardín Botánico de Guayaquil- Banco del Progreso, 1995. Material that was lost for 200 years and was found after three years of searching by Dr. Estrella in the Archives of the Royal Botanic Gardens, Madrid.
• De la Farmacia Galénica a la Moderna Tecnología Farmacéutica. Quito: Artes Gráficas Señal, 1990. 105 p. From Galen to the Modern Pharmacy Pharmaceutical Technology. Quito
• Función Maternal y Sexualidad. Un estudio en mujeres de una población campesina de la Provincia de Pichincha. Quito: Ed. Abya-Yala, 1991. 130 p. Maternal and sexual function. A study of women in a rural population of the province of Pichincha. Quito.
• Malaria y Leishmaniasis Cutánea en el Ecuador. Quito: Ed. Abya-Yala, 1991. 374 p. (Coauthor) Malaria and cutaneous leishmaniasis in Ecuador. Quito:
• La Biodiversidad en el Ecuador: Historia y Realidad. Quito: Tulpa Editores, 1993. 103 p.Biodiversity in Ecuador: History and Reality. Quito
• Sin Hadas; Sin Muñecos. Una Sintesis de la Situación de la Niñez en la Amazonia. Bogotá: UNICEF-UNAMAZ, 1993. 229 p.(Coautor). No fairy Without Dolls. A summary of the Situation of Children in the Amazon. Bogota: UNICEF-UNAMAZ, 1993. 229 p. (coauthor).
• Plantas Medicinales Amazónicas. Realidad y Perspectivas. Lima: Tratado de Cooperación Amazónica, 1995. 302 p. Amazonian Medicinal Plants.
• Biodiversidad y Salud en las Poblaciones Indígenas de la Amazonia. Lima: Tratado de Cooperación Amazónica, 1995. 320 p. Biodiversity and Health in Indigenous Peoples of the Amazon. Lima: Amazon Cooperation Treaty
• La Condamine. Viaje por el Río Amazonas y Estudio sobre la Quina. Barcelona (España): (Lafuente, Antonio y Estrella, Eduardo: Presentación y Edición). Ed. Alta-Fulla, 1986. (II Edición. Quito: Editorial Abya-Yala, 1994). Travel the Amazon River and Study on Quina. Barcelona (Spain): (Lafuente, Antonio Estrella, Eduardo: Introduction and Edition). Ed High-Fuller, 1986. (Second Edition. Quito: Editorial Abya-Yala, 1994)
• Guía Nacional de Servicios de Salud en el Ecuador. Quito: Ministerio de Salud-UNICEF, ILDIS, 1990. National Directory of Health Services in Ecuador. Quito: Ministry of Health, UNICEF, ILDIS
• Ruiz, Hipólito. Compendio Histórico-Médico-Comercial de las Quinas (Investigación, Introducción y Notas). Burgos (España): Caja de Ahorros Municipal, 1992.Ruiz, Hipolito. Historical Compendium of Medical Sales Quinas (Research, Introduction and Notes). Burgos (Spain) Caja de Ahorros Municipal.
• Salud y Población Indígena de la Amazonia. (Estrella, E., ed.). Quito: Crearimagen, 1993. 2 vols. Health and Indigenous People of the Amazon.
• Espejo, Eugenio. Reflexiones acerca de un método para preservar a los pueblos de viruelas. (Estudio Crítico y Edición). Quito: Comisión Permanente de Conmemoraciones Cívicas, 1993. Reflections on a method to preserve people from smallpox.
• Espejo, Eugenio. Voto de un Ministro Togado de la Audiencia de Quito. (Estudio Crítico y Edición). Quito: Comisión Permanente de Conmemoraciones Cívicas, 1993. Vote of a robed minister of the Audiencia of Quito. (Critical Study and Edition). Quito: Permanent Commission of Civic Commemorations, 1993.

• Flora Huayaquilensis sive descriptiones et icones plantarum Huayaquilensium secundum systema Linnaeanum digestae / Auctore Johanne Tafalla. 1989 vol. I: Icona, Real jardín botánico. Estudio introductorio Eduardo Estrella.
• Flora Huayaquilensis sive descriptiones et icones plantarum Huayaquilensium secundum systema Linnaeanum digestae / Auctore Johanne Tafalla. 1991 vol. II: Icona, Real jardín botánico.

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