La storia si apre in una misteriosa stazione di sorveglianza di Tokyo, in cui viene rilevata l'emersione di un digimon nel Mondo Reale. Il capitano dell'installazione incarica la sua migliore recluta, Yoshino, di occuparsi della questione. L'area dell'emersione viene recintata dalla polizia con il pretesto di una bomba, e quando Yosino si avvicina gli agenti la fanno passare. Giunta al centro del parco, si ritrova davanti ad un tappeto di studenti riversi a terra: sono stati stesi a pugni. Poco distante, un ragazzo di nome Daimon Masaru si ritrova faccia a faccia con un Digimon, Agumon. Masaru, che si presenta come il miglior Banchou (combattente da strada) di Tokyo, non accetta che qualcuno si sia intromesso nel suo scontro, in questo caso Agumon, e i due si preparano a chiarire la questione alla vecchia maniera. Incredibilmente, Masaru riesce a tenere testa al digimon (per un umano dovrebbe essere impossibile provocare danno ad un digimon), e dopo parecchie ore di scontro i due si mettono KO a vicenda. Agumon, colpito dal fatto di aver trovato un umano forte quanto lui, promette che da in poi sarà sempre al suo fianco, e per provare il suo rispetto verso Masaru si rivolge a lui con l'appellativo di Aniki (capo). A quel punto Yoshino si fa avanti per arrestare Agumon, ma Masaru se lo carica sulle spalle e i due riescono a scappare, nascondendosi in un edificio chiuso al pubblico. Poco dopo Agumon dice di avere fame, quindi Masaru, dopo avergli detto di non uscire, va' a comprare del cibo. Sulla strada del ritorno incontra nuovamente Yoshino. La ragazza si identifica come membro dei DATS (Digimon Accident Tactics Squad), e porta Masaru al loro quartier generale. Qui Masaru fa la conoscenza del Capitano Satsuma, capo dei DATS del Giappone. I DATS, spiega Satsuma, hanno il compito di intercettare e sconfiggere qualsiasi digimon emerga nel mondo reale, trasformarlo in una digitama e rispedirlo nel Mondo Digitale. Masaru però non accetta che i digimon vengano trattati come dei criminali anche se non fanno niente di male, ma proprio in quel momento viene rilevato un digimon aggressivo proprio nella zona dove lui ha lasciato Agumon. Tornato sul posto assieme a Yoshino scopre che Agumon non c'è più, e il ragazzo comincia a temere che il responsabile sia il suo compagno. In realtà Agumon, stanco di aspettarlo, era uscito a cercarlo, così, quando i due si reincontrano, scoprono che il responsabile di tutto è Cockatorimon. Yoshino rimane bloccata nell'edificio per via di un'esplosione, e Agumon, per proteggere il suo Aniki, rimane ferito. La cosa fa infuriare Masaru, che, con una forza inaspettata, colpisce il nemico, facendogli molto male. Inoltre, una strana luce avvolge la sua mano. Un misterioso vecchietto gli consegna il digivice, spiegandogli che quella luce è la sua digisoul, il potere che permetterà ad Agumon di evolversi. Masaru carica la sua digisoul nel digivice, e Agumon si evolve in Geogreymon, sconfiggendo facilmente Cockatorimon, che torna digitama. Il Capitano Satsuma, che assiste allo scontro dalla base dei DATS, rimane colpito da quel ragazzo, e dice di volerlo assolutamente nella sua squadra.

Il digitama di Cockatrimon viene riportato ai DATS, e Daimon, arrestato assieme ad Agumon, assiste al ritorno dell'uovo nel Mondo Digitale per mezzo di una speciale macchina da teletrasporto. Yoshino tenta di spiegare che il solo fatto che un digimon si mescoli agli umani è di per sé un crimine, ma Masaru continua a non accettarlo, e, dopo aver creato un diversivo, riesce a scappare. Prova a nascondere Agumon in un magazzino del porto, ma poi decide di portarlo a casa con sé. Appena arrivato tenta immediatamente di nasconderlo agli occhi di sua madre Sayuri e della sua sorellina Chika, ma i suoi maldestri tentativi si concludono con una caduta dal tetto. Intanto, Yoshino è ancora sulle tracce di Masaru, ma il capitano Satsuma le dà l'ordine di non cancellare la memoria di Masaru e della sua famiglia, come sarebbe da prassi; dovrà semplicemente tenerli d'occhio. Al suo risveglio, Daimon trova Agumon e Yoshino intenti a cenare assieme alla sua famiglia: né Sayuri né Chika sono spaventate da quella bizzarra creatura. Il giorno dopo Masaru esce per andare a scuola, perennemente tallonato da Yoshino, ma lungo la strada trova la scuola elementare di Chika sorvegliata dalla polizia: a quanto pare qualcuno si è introdotto di notte nel recinto dell'istituto e ha fatto strage di polli e conigli. Non si tratta del primo episodio simile che accade in città, e Yoshino comprende che dietro a tutto questo c'è un digimon. Per questo, lei e Masaru, durante la notte successiva, si nascondono vicino al recinto, sperando di veder arrivare il colpevole. Poco dopo arriva Takashi, il bambino incaricato di occuparsi degli animali. Il ragazzino si mostra estremamente aggressivo, e grida di aver voluto la scomparsa di polli e conigli perché non ne poteva più di stargli dietro. Subito dopo, alle sue spalle appare Kudamon, un digimon simile ad una larva che si era legato a Takashi per esaudire il suo desiderio. Yoshino affronta il nemico e fa evolvere Raramon in Sunflowmon. Lo scontro sembra facile, ma all'ultimo momento anche Kudamon si evolve, diventando Flymon. I vapori tossici del nuovo nemico mettono fuori gioco Yoshino e Sunflowmon; Daimon, per qualche ragione, non riesce a evocare la sua digisoul, ma volendo aiutare comunque i suoi colpagni colpisce Flymon con il pugno. La sua digisoul comincia così a bruciare, Agumon evolve Geogreymon e Flymon viene sconfitto. Il vecchietto che aveva dato a Masaru il digivice appare nuovamente, spiegandogli che la sua digisoul si sveglia ogni volta che dà prova della sua forza colpendo un digimon; poi gli dice che, unendosi ai DATS, avrà la possibilità di incontrare avversari sempre più forti, oltre naturalmente a poter tenere Agumon con sé. Eccitato dall'idea, il giorno dopo Masaru diventa membro dei DATS. Contemporaneamente, l'aereo della famiglia Norstein con a bordo il giovane Tohma e il suo digimon, Gaomon, si prepara ad atterrare a Tokyo.

Tohma Norstein, ultimo erede della potentissima casata austriaca dei Norstein, ritorna in Giappone, paese natale di sua madre, dopo sei mesi di assenza. Intanto, a Tokyo, un piccolo PetitMeramon sta causando problemi in una zona centrale. Masaru lo affronta davanti agli occhi di tutti, violando la regola fondamentale dei DATS che impone di agire nella più assoluta discrezione. Il digimon però si rivela essere troppo sfuggevole, e dopo aver evitato facilmente sia i colpi di Masaru che quelli di Agumon batte in ritirata, costringendo anche i due amici a levare il campo. Tohma Norstein sopraggiunge pochi istanti dopo, cancellando (con un flash uguale a quello dei MIB) la memoria dei testimoni dello scontro. Subito dopo si presenta al quartier generale dei DATS portando con sé il digitama del digimon che Masaru si era lasciato sfuggire. Masaru rimane subito molto seccato dall'atteggiamento altezzoso e presuntuoso di Tohma (che invece fa perdere la testa a Maki e Megumi, anche loro membri dei DATS), ma Satsuma e Yoshino spiegano a Masaru che la superiorità di Tohma su tutti loro è indiscussa. Oltre ad essere l'erede dei Norstein era un membro di spicco dei DATS dell'Unione Europea; inoltre, ha conseguito la laurea all'Accademia delle Scienze di Stoccolma a soli tredici anni. Anche il suo digimon, Gaomon, risulta essere il più forte fra quelli reclutati nei DATS. Di tutta risposta Tohma consiglia al capitano di escludere Masaru dalla squadra, e la cosa non può che far infuriare il diretto interessato. I due decidono di chiarire la questione con un match di boxe, e apparentemente la strategia di Tohma sembra superare l'istinto di Masaru. Poco dopo l'emersione di centinaia di Petitmeramon obbliga i DATS ad entrare in azione, ma Satsuma obbliga Masaru a rimanere alla base e fare da spettatore. Tohma affronta da solo gli avversari, e assieme a Gaomon, evolutosi Gaogamon, ne fa scempio in meno di cinque minuti. Masaru rimane molto deluso dall'aver trovato qualcuno più forte di lui, ma riceve l'occasione per riscattarsi quando alcuni Petitmeramon si rintanano nella centrale del gas, minacciando di farla esplodere. Grazie ad un'intuizione (suggeritagli ancora una volta dal misterioso vecchietto) fa in modo che i tre piccoli nemici si uniscano in Meramon, un digimon più forte ma anche più facile da colpire. Quando Tohma e Yoshino arrivano alla centrale Meramon è già stato sconfitto da Geogreymon. Nonostante ciò Tohma e Masaru continuano ad essere ai ferri corti, quindi Satsuma, per costringerli a collaborare, li obbliga da ora in poi a lavorare in squadra.

I DATS si occupano del caso di un Numemon che si è intrufolato nei sotterranei di un grande edificio. Sarebbe un lavoro facile, se Touma e Masaru non continuassero ad ostacolarsi a vicenda con il loro modo di fare diametralmente opposto. Per cercare di far nascere fra loro un po' di collaborazione il capitano obbliga Touma ad accompagnare a casa Masaru, così Touma ha anche modo di conoscere Chika e Sayuri. Durante quella notte, due rapinatori riescono a violare la sicurezza di una banca, ma rompono per sbaglio il loro decodificatore e la porta del caveau si richiude, intrappolandoli all'interno. A salvarli però giunge Drimogemon, e non appena i due scoprono l'abilità del digimon nel fare buchi decidono di trarre vantaggio dalla situazione. L'attività di Drimogemon però non passa inosservata, e i DATS si preparano a contrastarlo. Masaru cerca, a modo suo, di rendersi utile, ma ne ricava soltanto l'ennesima ramanzina per aver quasi cancellato dagli archivi informatici le informazioni sul caso di Drimogemon. I due rapinatori tornano in azione la notte successiva, ma vengono intercettati dai tre ragazzi e, trovandosi in inferiorità numerica, cercano di darsi alla fuga. Masaru e Agumon immobilizzano il loro furgone, ma improvvisamente Drimogemon assume dimensioni colossali, facendosi molto più pericoloso. Ancora una volta, Touma e Masaru adottano strategie diamentralmente opposte, ma che, per un assurdo paradosso, permettono loro di attuare quel lavoro di squadra necessario per ottenere la vittoria. Tuttavia, quando Drimogemon è ad un passo dall'essere sconfitto, i due compagni si intralciano nuovamente a vicenda, e il digimon coglie l'occasione per fuggire attraverso un portale, facendo ritorno nel Mondo Digitale. Touma chiede di poter usare il teletrasporto per seguire Drimogemon e finire il lavoro, ma dal momento che l'esperimento non è mai stato tentato su un umano, il capitano nega il permesso. Touma decide però di disobbedire agli ordini, e quella notte, dopo aver distratto Yoshino, entra nella macchina.

Subito dopo che Touma è scomparso nella macchina di teletrasporto, anche Agumon e Masaru arrivano nell'installazione, e convincono Yoshino, con mezzi non poco ortodossi, ad aiutarli a raggiungere il loro compagno. Arrivati nel Mondo Digitale, Agumon e Masaru si intrattengono per un po' a contemplare i suoi bizzarri aspetti, quindi si mettono a loro volta sulle tracce di Drimogemon. Dopo un poco il digimon gli appare praticamente davanti, ma mentre lo inseguono all'interno di un cunicolo vengono intrappolati all'interno del labirinto di gallerie. In uno dei cunicoli incontrano anche Touma, che nella caduta si è slogato una caviglia. Masaru lo aiuta a camminare, e Touma rimane colpito dalla sua generosità. Intanto, nel Mondo Reale, Yoshino è stata scoperta, e la squadra dei DATS si è messa al lavoro per recuperare i due ragazzi. Touma e Masaru, vagando per le gallerie, si imbattono di nuovo in Drimogemon, e dopo essergli saltati in groppa cercano un modo per poterlo affrontare. Masaru, afferratolo saldamente, lo costringe prima a tornare in superficie, poi ad entrare in un palazzo di diamante, dove il nemico non è in grado di sfruttare la sua trivella. Lo scontro sembra facile, ma ad un certo punto Drimogemon si evolve in Digmon, e la corazza del nuovo digimon si rivela troppo resistente per le singole tecniche di Geogreymon e Gaogamon. Touma allora suggerisce di combinare la forza dei rispettivi partner, un'idea che si rivela vincente. Digmon è sconfitto, e i due ragazzi capiscono che possono trarre molti insegnamenti l'uno dall'altro. Tornati nel Mondo Reale, Touma e Masaru subiscono, insieme a Yoshino, una sonora lavata di capo per la loro sconsideratezza, ma poi il capitano Satsuma si complimenta con i suoi ragazzi, che finalmente sono riusciti a collaborare.

Agumon e Masaru affrontano Tortomon, emerso nella zona del porto. Lo scontro è abbastanza impegnativo, ma alla fine i due ne escono vincitori. Tornati a casa, litigano durante la cena per un uovo fritto di avanzo, e a Masaru scappa detto che, senza la sua Digisoul, Agumon non sarebbe mai in grado di evolversi. Agumon però si offende , si chiude nel digivice e i due non si parlano più. Neppure il misterioso vecchietto, apparso stavolta sotto le spoglie di un indovino di strada, riesce a far desistere Masaru, che per sfogarsi riempie di botte la banda di Katsumata. Poco dopo, un Elecmon comincia a mandare in tilt i semafori della città, mangiandosi tutta l'energia elettrica su cui riesce ad arrivare. Masaru e gli altri lo raggiungono alla centrale elettrica, dove assistono alla sua evoluzione in BlackGarurumon. Masaru, che vuole dimostrare di poter combattere da solo, salta addosso al digimon, e lo scontro si sposta su un ponte ferroviario in costruzione. Per un po' riesce a tenere testa al nemico, ma poi comprende che solo assieme ad Agumon può dimostrare tutta la sua forza. Agumon, rimasto ai DATS, viene raccolto di nascosto dal misterioso vecchietto e portato dal suo compagno. I due si scusano a vicenda, e insieme sconfiggono BlackGarurumon.

Un giorno, Tohma si reca ai DATS, e trova Masaru sospettosamente gentile con lui. Comprendendo che deve chiedergli qualcosa gli dice di vuotare il sacco: il giorno dopo Masaru dovrà sostenere un importante esame riparatore, in caso contrario rischia di dover ripetere l'anno. Sulle prime Tohma pensa che Masaru voglia essere aiutato a studiare, ma invece è il problema è un altro. Il suo esame di riparazione coincide con il compleanno di Chika, e Masaru vorrebbe che Tohma la accompagnasse assieme a sua madre in giro per la città, sostituendo in qualche modo la figura del padre, scomparso nel nulla da quasi dieci anni. Tohma accetta, colpito soprattutto da Sayuri, che gli ricorda molto sua madre. Organizza perciò una giornata da sogno, fra ristoranti di lusso, club di equitazione e altri luoghi esclusivi. La piccola Chika però ha altri progetti, e trascina Tohma in luoghi per lui sconosciuti, come la sala giochi e il ristorante tradizionale. Inizialmente disorientato, Tohma dimostra di apprezzare la bellezza delle cose semplici, e per esaudire la richiesta di Chika di vedere i fuochi d'artificio la porta in un parco divertimenti. Il giro sulla ruota panoramica viene però interrotto da Bombernanimon, un digimon gigantesco con le sembianze di una bomba. Gaogamon, ignorando gli ordini di Satsuma, ingaggia battaglia con il digimon, che però si circonda di bombe innescate, in grado di fare un disastro se lasciate libere di esplodere. Tohma però ha l'idea giusta; ordina a Gaogamon di agganciare Bombernanimon e scagliarlo in aria, dove le bombe esplodono distruggendo lui e senza provocare nessun danno. Anzi, provocano quei fuochi d'artificio che Chika voleva vedere. La giornata si conclude con una cena fra amici, durante la quale Tohma ha la spudoratezza di fregarsi l'ultimo uovo fritto che Masaru e Agumon si stavano contendendo.

Mentre si concede una ciotola di Ramen, Masaru intravede una ragazza in fuga da alcuni paparazzi. In quello stesso istante, al telegiornale si parla di Hanamura Neon, musicista e cantante di successo, e della sua nuova fidanzata, che da poco tempo è andata a vivere con lui nel lussuoso RPG Building. La ragazza in questione è quella che Masaru ha intravisto, che altri non è se non Yoshino. Il giorno dopo, la notizia è sulla bocca di tutti. Maki e Megumi sono alquanto gelose, ma il capitano Satsuma spiega che all'origine di tutto c'è una nuova missione. All'interno dell'RPG Building, infatti, è stata rilevata la presenza di un digimon molto pericoloso, Keramon, in grado di interagire con la rete informatica e modificare o distruggere a proprio piacimento ogni sistema collegato ad internet. E dal momento che il sistema di difesa dell'RPG Building è sotto il controllo del digimon, l'unica soluzione è stato di infilare una talpa all'interno dell'edificio per scoprire chi stia coprendo Keramon ed eliminare il problema. Yoshino e Hanamura erano stati compagni di classe, nonché ottimi amici, e per questo la missione è stata affidata a lei. La ragazza non è convinta della colpevolezza di Neon, ma durante la notte il cantante dimostra la sua vera natura. Keramon, grazie alla sua abilità, trasmette l'ultimo video del concerto di Hanamura su ogni sistema video del Giappone, facendo schizzare alle stelle l'indice di ascolto e di gradimento. Masaru tenta di ricorrere alle maniere forti, ma Yoshino vuole chiarire la questione personalmente e gli intima di lasciar fare a lei. Il capitano però, su consiglio di Touma, la solleva dall'incarico, e i DATS si preparano ad entrare in azione per porre fine al problema. Anche Yoshino, pur contravvenendo agli ordini, si reca all'RPG Building. Hanamura, vedendosi scoperto, libera la propria furia, che interagendo con Keramon gli permette di evolversi in Chrysalimon. Mentre Masaru e Touma sconfiggono il nemico, Yoshino cancella la memoria di Neon e quella di un paparazzo che aveva assistito al manifestarsi di Keramon.

Masaru solleva delle perplessità riguardo ad Hayate Tsubasa, il campione del mondo uscente di boxe, che da un po' di tempo non fa altro che vincere incontri su incontri contro avversari che stranamente non sembrano mai essere al top delle loro energie. Anche Yoshino trova la storia alquanto strana, invece Tohma, che da sempre ha visto in Hayate Tsubasa un modello di ispirazione, non vuole accettare il fatto che l'eroe della sua infanzia stia giocando sporco facendosi aiutare da un digimon. La prova dei fatti, però, smentisce la sua convinzione. Sul pavimento dello stadio è stata ritrovata una spina di chiara provenienza digitale, quindi non vi sono dubbi che qualcuno stia pilotando un digimon per aiutare Hayate a vincere i suoi incontri. I DATS quindi cominciano ad interrogare i possibili sospettati; Tohma si avvicina ad Hayate, ed è sempre più convinto che lui non sappia niente degli incontri truccati. Yoshino invece, fingendosi una reporter, intervista la moglie del campione, venendo a conoscenza di un fatto interessante: un po' di tempo prima, Hayate era rimasto vittima di un grave infortunio durante un incontro, che teoricamente avrebbe dovuto segnare una brusca battuta d'arresto per la sua carriera di pugile. Invece, dopo un periodo di incertezza, non fa altro che vincere incontri. Ciò nonostante, non vengono raccolti indizi sufficienti per forumulare un'accusa contro qualcuno, quindi l'unica soluzione è aspettare che il colpevole esca allo scoperto. L'occasione propizia si presenta alla vigilia della finale mondiale che vedrà Hayate Tsubasa confrontarsi contro un grande imbattuto americano. La sera prima dell'incontro, l'avversario viene sta per essere aggredito, ma Tohma sopraggiunge in tempo fermando l'attacco e smascherando i colpevoli: il digimon è Togemon, e a controllarlo è Manami, la figlia di sette anni di Hayate, determinata ad impedire che suo padre venga sconfitto. Gaomon affronta Togemon, dapprima in un match regolare e poi in un vero scontro, sconfiggendolo in entrambe le occasioni. Il giorno dopo, nonostante le condizioni fisiche, Hayate decide di affrontare ugualmente la sfida, dando a Tohma un'ulteriore dimostrazione di cosa voglia dire avere fiducia in sé stessi.

Masaru, Agumon e Chika vengono invitati a pranzo a casa di Touma, e come al solito Masaru e Agumon fanno sfoggio dei loro modi non proprio signorili. Imbarazzata, Chika si arrabbia con il fratello e scappa via dopo avergli augurato ogni sorta di sventura. Masaru non sembra farci troppo caso, ma poco dopo le sventure augurategli da Chika, per quanto strampalate e inverosimili possano essere, cominciano a capitargli per davvero, e proprio nell'ordine in cui Chika le aveva pronunciate. Inizialmente Maki e Megumi sostengono che Masaru possa essere stato maledetto, ma la segnalazione di un digimon nella base dei DATS lascia supporre che la spiegazione sia ben diversa. Masaru comincia anche a sentirsi in colpa per l'imbarazzo provocato a Chika, ma all'improvviso l'ultima delle maledizioni augurategli prende forma e una enorme nave cargo si dirige dritta verso di lui. Mentre Yoshino e Touma vanno alla ricerca di Chika Masaru riesce a salire a bordo della nave e scopre così che il digimon responsabile di tutto è Soulmon, e che fino a quel momento è riuscito a passare inosservato grazie alla sua capacità di rendersi invisibile. Masaru lo affronta e lo sconfigge prima di fare nuovamente pace con la sorella.

Tohma ottiene dal capitano Satsuma il permesso di recarsi in America per svolgere delle indagini in merito ad una teoria da lui avanzata sulla vera natura delle emersioni dei digimon. Masaru, credendo che in realtà voglia semplicemente concedersi una vacanza, si indispettisce, e allora Maki e Megumi suggeriscono di alleviare la rabbia con una scorpacciata di dolci giapponesi, ma prima che possano concedersi questo lusso Agumon fa piazza pulita. Per farsi perdonare Masaru, che è indirettamente responsabile dell'accaduto, promette di servire loro i migliori manjouu del Giappone e si reca a casa di un suo amico, Koichiro, figlio di famosi pasticceri. Al suo arrivo, però, trova il negozio in rovina; Koichiro gli rivela che, dopo un periodo di benessere, a seguito di una momentanea sospensione forzosa dell'attività i clienti erano gradualmente scomparsi, e per cercare di far fronte alle spese il signor Shiratori aveva iniziato a scommettere sui cavalli, indebitandosi fino al collo con uno strozzino. Masaru promette di aiutare l'amico a risolvere i problemi con suo padre, ma prima che possa intervenire Soichiro, in preda a una strana euforia, svuota le casse del negozio e va' nuovamente a giocare all'Ippodromo. Masaru e Yoshino lo seguono, rilevando la presenza di un digimon; infatti tre piccoli Picodevimon si sono insinuati nello stadio e, con i loro poteri, fanno in modo che i cavalli su cui Soichiro ha scommesso vincano, ma scappano prima di venire identificati. Intanto Touma ha raggiunto un suo amico all'università di Harvard, il professor Stimson, con il quale ha cominciato a svolgere delle ricerche. Soichiro, sempre più preso da quello che lui chiama il Grande Dio della Fortuna, continua a vincere e a spendere soldi, ma così facendo infrange anche il sogno di Koichiro, che sperava di seguire le orme del padre diventando un famoso pasticcere. Alla fine Masaru scopre che dietro a tutto c'è Vilemon, un digimon di livello Adulto, e che i Picodevimon erano i suoi servitori. L'avarizia dimostrata da Soichiro rende Vilemon ancora più forte, quindi Masaru e Yoshino, dopo aver sconfitto i nemici e aiutato padre e figlio a fare pace, comprendono che i digimon sono in grado di interagire con i sentimenti degli umani. Alla stessa conclusione giunge anche Touma che, ritornato in Giappone, richiede la messa in allarme di tutti i comandi dei DATS sparsi nel mondo.