Haru Shinkai ha sempre pensato di non avere i requisiti per essere un eroe, fino a quando un incontro fatale con Gatchmon gli ha dato la possibilità di diventarlo. Dopo aver scelto di diventare un eroe, un Appmon ribelle di nome Messemon che inizia a spargere il coas attraverso i messaggi sui telefoni di tutti.

Gli amici di Haru si mettono nei guai quando le loro app di ricerca vanno in tilt, e rendendosi conto che un Appmon di nome Navimon è il colpevole, lui e Gatchmon lo affrontano.

Dopo aver ottenuto un nuovo alleato che può fondersi con Gatchmon nel più potente DoGatchmon e aver scacciato Cameramon, un agente della malvagia intelligenza artificiale "Leviathan", Haru insegue un Appmon chiamato Roleplaymon che intende trasformare i sistemi della città in un gioco di ruolo.

È Halloween e Gatchmon lascia il fianco di Haru per godersi i festeggiamenti. Tuttavia, Cameramon coglie l'occasione per tendere un'imboscata ad Haru per rubare il suo AppliDrive.

Haru scopre che l'idol Eri Karan è un Appli Driver come lui e decide di incontrarla. Nell'occasione, i due uniscono le forze contro un Appmon ribelle di nome Dressmon che sta rovinando i vestiti delle persone.

Eri incontra il buongustaio Appmon, Perorimon, e tenta di placarlo per sostenere la sua carriera, ma il piano fallisce e Perorimon fugge. Poco dopo, i dati da siti ovunque iniziano a scomparire, e sia Eri che Haru iniziano a cercare Perorimon, chiedendosi se sia coinvolto, fino a quando non trovano il vero colpevole.

Haru incontra Torajirou Asuka, un famoso Apptuber che è anche un Appli Driver come lui ed Eri. A parte il suo comportamento energico, Torajirou nasconde anche un lato severo che viene rivelato quando lui e Haru affrontano un Appmon di nome Watchmon che sta rendendo gli orologi in tutto il mondo fuori sincrono.

Haru presenta Astra ed Eri, ma presto iniziano a litigare a causa dei loro ego incompatibili. Poco dopo, Astra diventa angosciato dopo aver appreso che un altro Apptuber è diventato molto più famoso di lui, e i suoi video stanno precipitando in popolarità improvvisamente, scopre che è coinvolto un Appmon infetto di nome Dogamon.

Haru, Astra ed Eri sono invitati dal loro Appmon a partecipare a una competizione tra loro, ma il culmine dei festeggiamenti viene interrotto quando un Appmon ostile chiamato Hackmon arriva per sfidarli.

Haru e gli altri partecipano a una riunione con l'intenzione di incontrare l'altro Appmon Seven Code, ma vengono attirati in un'imboscata da Hackmon e dal suo Appli Driver Rei Katsura, che li sfidano a combattere.

Inseguendo Rei per salvare l'Appmon Seven Code che gli ha derubati, Haru e i suoi amici incontrano Sakusimon, un altro degli agenti di Leviathan, ma vengono salvati da Rei e scoprono il motivo per cui sta raccogliendo i Seven Code per se stesso.

Dopo aver appreso che Rei vuole solo salvare suo fratello minore Hajime Katsura, che è stato rapito dal Leviathan, Haru offre il suo aiuto. Tuttavia, Rei rifiuta e decide di attaccare Haru e gli altri, tuttavia quando Sakusimon torna Rei lo attacca, dando loro l'opportunità di fuggire. Haru, invece, si rifiuta di abbandonare Rei, e il gruppo decide di affrontare insieme il nemico.

Il Natale è alle porte ma sia il 24 che il 25 dicembre vengono cancellati dai calendari digitali di tutto il mondo, minacciando di rovinare i festeggiamenti. Mentre inseguono l'Appmon chiamato Calendarmon responsabile, Haru e Gatchmon finiscono per rivelare il loro segreto all'amico di Haru, Ai Kashiki, che diventa loro alleato.

Per l'interferenza di un altro Appmon ribelle di nome Puzzlemon, la città è in subbuglio perché tutte le porte e i veicoli elettronici sono sigillati da serrature legate ai puzzle, e Haru e i suoi amici lo rincorrono per riportare le cose alla normalità e sconfiggere Puzzlemon.

Per scoprire la posizione del successivo appmon Seven Code, Haru e compagni hanno chiesto a un appmon di indovini: Tellermon di eseguire la predizione della fortuna. Tuttavia, Tellermon è infettato dal virus L, e mentre Eri e Astra la rincorrono, Haru e Rei affrontano Mienumon, un altro degli inviati di Leviathan.

Haru scopre che la voce misteriosa che lo chiama dal suo AppliDrive è la stessa di suo nonno. Indagando ulteriormente su di lui, la banda incontra l'Appmon del tempo, Timemon, che rivela loro il segreto dietro Leviathan e colui che ha dato loro gli AppliDrive.

Mienumon invia l'Appmon copia e incolla, Copypamon per provocare un putiferio e tormentare Eri proprio quando sta per lanciare il suo primo singolo.

Haru considera l'idea di condividere il suo segreto con il suo migliore amico Yujin Ozora, proprio come ha fatto con Ai. Tuttavia, quando un Appmon infetto di nome Resshamon dirotta una monorotaia con Yujin ed Eri a bordo, Haru e Astra corrono contro il tempo per prevenire una tragedia e fermare Resshamon.

Mienumon invade i server della società di software Waffle Inc. con un esercito di Virusmon proprio mentre stanno per lanciare la nuova versione del loro sistema operativo per infettarlo. Dopo aver appreso la situazione da Rei, Haru e co. corrono lì per fermare i suoi piani, ma le probabilità contro di loro sono schiaccianti, fino a quando Timemon, testimoniando la forza del legame tra Haru e Gatchmon, decide di unirsi alla loro parte, dando a Gatchmon il potere dell'Applink al livello finale, Globemon.

Il padre di Torajiro decide di mandarlo via per un viaggio di formazione di due anni, ma lascia a lui la decisione finale. Diviso tra il suo dovere con la sua famiglia e il suo desiderio di continuare a fare video su Apptube, Torajiro scopre che la vita di suo padre potrebbe essere in pericolo quando viene avvicinato dall'Appmon del sonno, Dreamon che intende dargli il potere di potenziare il potere di Musimon al livello successivo per combattere un Medicmon infetto.

Mienumon decide di inviare Coachmon un altro stratagemma per tormentare Eri. Tuttavia, mosso dal vero desiderio di Eri di migliorare se stessa, indipendentemente dal duro allenamento che impone, Coachmon si ricrede e aiuta Dokamon a raggiungere il livello finale e combattere Weatherdramon, che è stato infettato dal virus L.

Mentre Haru e i suoi amici inseguono Mienumon, che ha rubato il settimo e ultimo Seven Code, Rei e Hackmon si preparano ad affrontare Dezipmon, un Appmon che hanno incontrato quando si sono incontrati per la prima volta, e la chiave per raggiungere il livello Ultimate.

Haru e co. raggiungono Mienumon prima che riesca a fuggire nel deep web con il settimo Seven Code. Tuttavia, si unisce a Sakusimon nella sua forma Ultimate, Warudamon e prende l'offensiva contro di loro, fino a quando Rei arriva per aiutarli e i quattro AppliDriver potenziano anche i loro Appmon al livello Ultimate per contrattaccare.

Finalmente i Seven Code sono riuniti. Tuttavia, l'enorme Appmon Cometmon sembra colpire gli Applidriver, fino a quando Dantemon non emerge dal blocco dei Seven Code per difenderli e aprire la porta al deep web, dove risiede Leviathan.

Mentre cercano dove si trovi Leviathan, Haru e i suoi amici finiscono per incontrare l'Appmon del disegno Drawmon, che li conduce in una trappola. Nel frattempo, Rei ottiene maggiori informazioni su quello che è successo a suo fratello e ha una rivelazione scioccante.

L'episodio è un riassunto degli eventi della serie finora.

Haru e co. affrontano un Appmon ribelle di nome Tubumon che diffonde falsi scandali e oscuri segreti in rete, ma questa volta il nemico è assistito da Satellamon, che li lascia in difficoltà, finché Yujin non appare in aiuto, rivelando che anche lui è un AppliDriver.

Yujin e il suo Appmon Offmon si uniscono alla squadra, ma quando Offmon scappa per paura degli altri, lo cercano, incontrando un altro nemico di nome Musclemon sulla strada.

Stufo degli altri che adorano Offmon, Gatchmon scappa di casa e sia Dokamon che Musimon decidono di seguirlo. Tuttavia, incontrano un ragazzo che si è perso dopo essere scappato anche lui e il trio lavora insieme per aiutarlo a ritrovare la strada per tornare dalla sua famiglia.

MariPerorimon, l'Appmon di un'App Gourmet specializzata in Mega Porzioni, cerca l'aiuto di Eri per aumentare le sue capacità di revisione, ma con Eri troppo impegnata con il lavoro, Dokamon si offre invece di addestrarla.

Eri guadagna un viaggio in un hotel resort e invita Haru e gli altri. Tuttavia, vengono mal indirizzati da Tripmon, un Appmon al servizio di Satellamon, che è desideroso di riprendersi Offmon per averlo sconfitto nel loro precedente incontro.

Dopo aver perso il controllo e aver ferito Yujin nell'ultimo combattimento, Offmon decide di lasciarlo, ma Satellamon sembra sfidare nuovamente Offmon e Yujin lo convince a fidarsi del loro legame e a combattere il nemico, insieme all'aiuto di Haru e Globemon.

Rei ruba alcuni dati critici mentre cerca Hajime, nel frattempo il CEO di L Corporation viene sostituito da Knight Unryūji, un giovane ragazzo che lavora per Leviathan.

Haru, Eri, Torajiro e Yujin sono invitati a visitare la L Town, una città completamente progettata e gestita da L Corp, dove incontrano un Appmon rosso di nome Batterimon e Cloud, un umano che li avverte di smettere di interferire con i piani di Leviathan.

Sono in corso le elezioni generali di AppliYama 470. Eri lavora duramente per assicurarsi una posizione tra gli idol più votati, ma all'ultimo minuto, una canaglia Appmon di nome Calcumon per devozione per lei decide di rovinare i risultati, costringendo lei e i suoi amici a intervenire.

È arrivato il momento della fine delle elezioni. Mentre Eri e i suoi amici stanno aspettando con impazienza i risultati, Rei e Hackmon irrompono in uno degli edifici della L Corp e scoprono la sua connessione con Leviathan.

Haru, Eri, Torajirou e Rei vengono attaccati dagli Ultimate 4, una squadra di potenti Appmon sotto il comando di Leviathan che distruggono facilmente sia i loro amici che gli AppliDrive. Proprio mentre stanno per essere uccisi anche loro, Yujin e Shutmon appaiono e affrontano i nemici da soli per aiutarli a fuggire.

Haru viene contattato da suo nonno e guidato dalle sue istruzioni, lui e gli altri si riuniscono con i loro Appmon, che non li ricordano affatto, e vengono inviati in un viaggio per ripristinare i ricordi dei loro amici. Nell'occasione, non solo si riconnettono con Gatchmon e gli altri, ma ottengono ognuno il proprio AppliDrive DUO.

Haru e gli altri si preparano a salvare Yujin e Offmon da gli Ultimate 4, ma vengono informati che hanno solo 60 minuti prima che i due vengano uccisi. Per procedere oltre, devono anche affrontare alcuni dei loro nemici eliminati che sono stati rianimati per combatterli di nuovo.

Gli AppliDrivers corrono contro il tempo per salvare Yujin e Offmon. Gli amici di Haru rimangono indietro per affrontare gli altri membri de gli 'Ultimate 4, aprendo la strada a lui e Gatchmon per correre dietro al loro capo, Charismon.

Il tempo stringe, ma Haru deve ancora passare da Charismon per salvare Yujin e Offmon. Sopraffatto dal nemico, ogni speranza sembra persa finché Haru non fa una mossa rischiosa per aumentare il potere del suo amico.

Haru e co. uniscono le forze per aiutare Rei a prendere d'assalto il quartier generale della L Corp alla ricerca di suo fratello, Hajime. Ma non ci vuole molto per essere scoperti e devono farsi strada contro un esercito di Sleepmon per salvarlo.

Hajime è stato trasformato nell'Appmon Sleepmon ed è in un sonno profondo, quindi tutti gli Appmon tentano di svegliarlo senza successo, fino a quando finalmente si sveglia grazie agli sforzi di Rei e rivela il motivo per cui è stato rapito da Leviathan.

Per impedire a Leviathan di conquistare il mondo, gli AppliDriver devono trovare la creazione di Hajime, l'Appmon Bootmon prima che venga catturato dal nemico, ma durante la loro ricerca, un altro fastidioso Appmon di nome Damedamon appare sulla loro strada.

Personaggi del gioco provenienti da tutto il paese diventano furfanti per mano di un altro servitore di Leviathan di nome Uratekumon e per fermarli, Haru e Gatchmon vengono aiutati da Agumon, un personaggio del videogioco "Digimon Universe", che Haru ha giocato quando era più giovane .

Torajirou viene trascinato da suo zio in un tempio appartato per l'addestramento e i suoi amici si preparano a farlo evadere. Sulla loro strada, Rei avverte Haru di stare attento con Yujin, poiché è sospettoso di lui.

Dopo aver appreso che Bootmon si nasconde nella scuola di Haru, la banda escogita un piano per catturarlo finalmente. Tuttavia, quando Bootmon viene messo alle strette, Yujin rivela il suo vero io e lo cattura agli ordini di Leviathan.

Con Bootmon sotto il suo controllo, Yujin risveglia l'Onnipotente Dio Appmon, Deusmon, per iniziare la fase finale del piano di Leviathan per controllare il mondo. Analizzando i dati di Deusmon, Rei e Hajime creano un programma speciale per raggiungere anche loro il grado God, ma mentre gli altri decidono di combattere fino alla fine, Haru è ancora sotto shock per il tradimento di Yujin.

Eri, Torajirou e Rei portano il loro Appmon al grado God per affrontare Deusmon, mentre Haru viene attaccato da Yujin. Ancora scoraggiato dalla rivelazione che Yujin è un nemico, Haru si rifiuta di contrattaccare, finché Gatchmon non riesce a tirarlo su di morale.

Alla fine Haru e Gatchmon si uniscono alla mischia contro Leviathan, che si è materializzato nel mondo umano, e nonostante tutto i God Appmon vengono consumati da Leviathan per potenziarlo, Haru si rifiuta di perdere la speranza.

Nel disperato tentativo di salvare i loro amici Appmon da Leviathan, Haru e compagni. tentano di hackerarlo con l'aiuto di Minerva per creare un percorso per fuggire, ma Yujin sembra interferire.

Riuniti con il loro Appmon, Haru ei suoi amici affrontano Leviathan per salvare il mondo.