La delusione rimediata ad opera del Venezia l'anno prima non abbatte i nerazzurri, ma costituisce la premessa per una reazione d'orgoglio.
Il presidente Bertoncini allestisce uno squadrone che affida a Fiorentini. L'Atalanta domina il campionato, totalizzando 47 punti in 34 gare ottenendo l'obiettivo prefissato. L'Atalanta si aggiudica per la prima volta il campionato cadetto da quando è stato inaugurato (aveva vinto la Prima Divisione in precedenza), il tutto grazie anche ai gol del neo-acquisto Gaddoni e alle prestazioni di Cominelli, sempre più leader di questa squadra.
Altro dato significativo è l'imbattibilità della squadra in casa: saranno zero le sconfitte e solo 9 gol subiti. La festa promozione avviene la domenica 9 giugno del 1940, alla penultima giornata contro il Fanfulla a Lodi. Meno di ventiquattr'ore dopo, l'Italia entra nella seconda guerra mondiale.
In Coppa Italia l'Atalanta al Secondo turno estromette l'Udinese, venendo però eliminata al turno successivo dal Brescia, dopo la ripetizione della gara precedente terminata in parità.