La stagione 2004 dei San Francisco 49ers è stata la 55ª della franchigia nella National Football League.[1]. La squadra giungeva da una stagione con un record di 7-9 ma scese a un disastroso 2-14, il peggiore della propria storia, assieme a quello della stagione 2016. A fine anno, il capo-allenatore Dennis Erickson fu licenziato.