Il 1º dicembre 2017, i Lions annunciarono che Makita sarebbe a breve diventato disponibile per un eventuale debuttò in Major League.[3] Il 6 gennaio 2018, Makita firmò un contratto biennale con i San Diego Padres.[4] Il 30 marzo 2018 Makita debuttò nella MLB, al Petco Park di San Diego contro i Milwaukee Brewers.
Giocò per l'intera stagione 2019 nella Minor League Baseball, e il 30 settembre dello stesso anno venne svincolato dalla franchigia.
^World Baseball Classic 2013: Japan, su web.worldbaseballclassic.com. URL consultato il 21 giugno 2013 (archiviato dall'url originale il 6 luglio 2013).
^(EN) Japan, su worldbaseballclassic.com. URL consultato l'8 marzo 2017 (archiviato dall'url originale l'8 marzo 2017).