La LEN Euro Cup 2012-2013 è stata la 21ª edizione del secondo torneo europeo di pallanuoto per squadre di club. Le gare sono iniziate il 18 ottobre 2012 e si sono concluse con la finale di ritorno il 6 aprile 2013[1].
Le squadre partecipanti sono state in totale 20, 4 delle quali provengono dal primo turno di Champions League; le nazioni rappresentate sono state 13. A causa del basso numero di club iscritti è stato disputato un solo turno di qualificazione, dopo il quale si ha avuto accesso alla fase a eliminazione diretta[2][3].
Il sorteggio del primo turno si è svolto il 19 settembre 2012; i gironi sono stati disputati in sede unica dal 18 al 21 ottobre e le prime due classificate di ciascun raggruppamento si sono qualificate per i quarti di finale[2][4].
^(EN) Tin Hartog, LEN Euro Cup qualification round II draw, in Waterpoloworld.com, 19/09/2012. URL consultato il 19 settembre 2012 (archiviato dall'url originale il 3 marzo 2016).
^abGli svedesi hanno annunciato il ritiro dalla competizione a 24 ore dall'inizio delle gare e sono stati sostituiti da una formazione dell'Università di Debrecen per mantenere il programma originale, ma le cui gare non verranno conteggiate ai fini della qualificazione ((EN) Tim Hartog, Euro Cup set to start, in Waterpoloworld.com, 17/10/2012. URL consultato il 18 ottobre 2012 (archiviato dall'url originale il 4 marzo 2016).)
^(EN) Tim Hartog, Euro Cup quarter-finals draw, in Waterpoloworld.com, 22/10/2011. URL consultato il 30 ottobre 2012 (archiviato dall'url originale il 4 marzo 2016).
^abTutti gli orari sono espressi nelle rispettive ore locali.