La Coppa Italia di Serie C 2006-2007 è stata la ventiseiesima edizione di quella che oggi si chiama Coppa Italia Lega Pro. Il vincitore è stato il Foggia che si è aggiudicato il trofeo per la sua prima volta nella storia battendo il Cuneo nella finale a doppia sfida.
Vengono ammesse alla competizione tutte le squadre che risultano regolarmente iscritte ad un campionato di Serie C.
La competizione si divide in due fasi:
Fase eliminatoria a gironi: vi partecipano le 62 squadre di serie C1 e serie C2 che non prendono parte alla Coppa Italia maggiore. Le 62 squadre sono suddivise in 12 gironi di sei squadre ciascuna. Si giocano partite di sola andata e vengono ammesse al turno successivo le prime classificate di ogni girone.
Fase ad eliminazione diretta: alle 12 qualificate tramite la fase eliminatoria, si uniscono le 28 squadre che hanno preso parte alla Coppa Italia maggiore, per avere un totale di 40 società partecipanti alla fase finale. Tuttavia, 8 sono ammesse direttamente agli ottavi di finale e le altre 32 si giocano gli altri 8 posti rimanenti. Le 8 squadre ammesse direttamente agli ottavi sono: le finaliste della Coppa Italia Serie C della stagione precedente, le perdenti delle due finali Play-off di serie C1 della stagione precedente e le quattro retrocesse dalla serie B alla fine della stagione precedente (Avellino, Cremonese, Gallipoli, Grosseto, Monza, Pavia, Sanremese, Ternana). Tutte le partite della seconda fase si giocano con il criterio della doppia gara (andata e ritorno) con i canonici criteri per la determinazione della squadra vincente alla fine del doppio scontro.
A questa fase partecipano le 12 squadre vincitrici dei gironi della fase eliminatoria più 20 delle squadre che hanno già preso parte alla Coppa Italia. Il sorteggio per gli accoppiamenti è stato effettuato il 4 ottobre 2006.
^La Lega Calcio visto che la Viterbese ha utilizzato un calciatore non avente titolo a parteciparvi non avendo la Lega Professionisti Serie C concesso il visto di esecutività alla relativa pratica di tesseramento presentata dalla società, ha inflitto alla stessa la punizione sportiva della perdita della gara con il punteggio di 0-3 a favore della società Poggibonsi. Sul campo il risultato fu Poggibonsi-Viterbese 4-4.
^La Lega Calcio visto che l'Igea Virtus ha utilizzato il calciatore Cristian Mauro non avente titolo a parteciparvi non avendo la Lega Professionisti Serie C concesso il visto di esecutività alla relativa pratica di tesseramento presentata dalla società, ha inflitto alla stessa la punizione sportiva della perdita della gara con il punteggio di 0-3 a favore della società Vigor Lamezia. Sul campo il risultato fu Igea Virtus-Vigor Lamezia 2-1.