La formula prevedeva tre turni eliminatori: un turno preliminare, un turno ad eliminazione diretta ed una fase gironi.
Al turno preliminare partecipavano 18 squadre che vennero divise in 9 spareggi A/R, le vincenti degli spareggi passavo il turno.
In caso di pareggio dopo la partita di ritorno, il passaggio del turno era affidato alla regola dei gol fuori casa, se le due squadre avevano lo stesso numero di goal segnati in trasferta il passaggio del turno era affidato al golden goal.
Al primo turno partecipavano 24 squadre (9 di queste erano le squadre che avevano passato il turno preliminare), esse vennero divise in 3 gruppi da 8 squadre ciascuno. All'interno dei tre gruppi, le squadre, vennero sorteggiate a due a due in modo che tra loro disputassero spareggi A/R. Le vincitrici degli spareggi accedevano al secondo turno.
Al secondo turno partecipavano le 12 squadre che avevano passato il primo turno, esse vennero in 3 gironi A/R da 4 squadre ciascuno.
Le tre vincitrici dei gironi si qualificarono alle Olimpiadi, mentre la migliore seconda classificata accedeva allo spareggio intercontinentale da disputare contro la vincitrice del girone oceanico.
^La partita originariamente si doveva giocare il 31 ottobre 1999, ma all'89' minuto, sul risultato di 2-2, essa venne sospesa a causa della scarsa visibilità.
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