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La Coppa delle Federazioni sovietiche 1988 (in russo Кубок Федерации СССР ? ) fu la 3ª edizione del trofeo. Vide la vittoria finale dello Qaırat , che così conquistò il suo primo titolo.
Erano iscritte tutte le formazioni partecipanti alla Vysšaja Liga 1988 . Le 16 squadre furono divise in quattro gironi da quattro squadre: in ciascun girone si disputavano gare di andata e ritorno per un totale di sei incontri per squadra, assegnando due punti per la vittoria, uno per il pareggio e zero per la sconfitta. Erano ammesse al secondo turno le prime due di ciascun girone.
Le quattro vincitrici dei quattro gironi disputavano i quarti in casa contro le quattro seconde classificate; quarti e semifinali erano giocate su gare di sola andata, così, come la finale, disputata però in campo neutro.
Ammesse alla seconda fase : Žalgiris Vilnius e Dinamo Minsk
1ª giornata
1/3 aprile 1988
Dinamo Kiev-Dinamo Minsk
0-2
Žalgiris Vilnius-Zenit Leningrado
2-0
2ª giornata
8 maggio 1988
Zenit Leningrado-Dinamo Kiev
0-1
Dinamo Minsk-Žalgiris Vilnius
2-0
3ª giornata
29 maggio 1988
Žalgiris Vilnius-Dinamo Kiev
2-1
Zenit Leningrado-Dinamo Minsk
3-1
4ª giornata
11 giugno 1988
Zenit Leningrado-Žalgiris Vilnius
0-0
Dinamo Minsk-Dinamo Kiev
1-1
5ª giornata
16 giugno 1988
Dinamo Kiev-Žalgiris Vilnius
1-2
Dinamo Minsk-Zenit Leningrado
3-1
6ª giornata
20 giugno 1988
Dinamo Kiev-Zenit Leningrado
2-2
Žalgiris Vilnius-Dinamo Minsk
3-1
Ammesse alla seconda fase : Qaýrat e Neftçi Baku
1ª giornata
3 aprile 1988
Šachtar-Neftçi Baku
1-3
Dinamo Tbilisi-Qaýrat
0-0
2ª giornata
8 maggio 1988
Šachtar-Dinamo Tbilisi
1-1
Qaýrat-Neftçi Baku
4-4
3ª giornata
29 maggio 1988
Dinamo Tbilisi-Neftçi Baku
2-3
Šachtar-Qaýrat
2-1
4ª giornata
11 giugno 1988
Dinamo Tbilisi-Šachtar
1-3
Neftçi Baku-Qaýrat
3-4
5ª giornata
16 giugno 1988
Qaýrat-Šachtar
3-1
Dinamo Tbilisieftçi Baku
4-0
6ª giornata
20 giugno 1988
Qaýrat-Dinamo Tbilisi
6-2
Šachtar-Neftçi Baku
2-2
Ammesse alla seconda fase : Spartak Mosca e Dinamo Mosca
1ª giornata
2/3 aprile 1988
Torpedo Mosca-Lokomotiv Mosca
1-0
Spartak Mosca-Dinamo Mosca
1-1
2ª giornata
8 maggio 1988
Lokomotiv Mosca-Spartak Mosca
1-2
Torpedo Mosca-Dinamo Mosca
0-1
3ª giornata
29 maggio 1988
Torpedo Mosca-Spartak Mosca
0-3
Dinamo Mosca-Lokomotiv Mosca
1-1
4ª giornata
11 giugno 1988
Lokomotiv Mosca-Torpedo Mosca
1-1
Dinamo Mosca-Spartak Mosca
0-0
5ª giornata
16 giugno 1988
Spartak Mosca-Lokomotiv Mosca
8-1
Dinamo Mosca-Torpedo Mosca
1-3
6ª giornata
20 giugno 1988
Lokomotiv Mosca-Dinamo Mosca
1-3
Spartak Mosca-Torpedo Mosca
1-1
Ammesse alla seconda fase : Metalist e Čornomorec'
1ª giornata
3 aprile 1988
Metalist-Dnepr
2-0
Ararat-Čornomorec'
1-3
2ª giornata
8 maggio 1988
Ararat-Metalist
0-1
Dnepr-Čornomorec'
2-1
3ª giornata
29 maggio 1988
Čornomorec'-Metalist
1-0
Dnepr-Ararat
0-0
4ª giornata
11 giugno 1988
Čornomorec'-Ararat
3-2
Dnepr-Metalist
1-0
5ª giornata
16 giugno 1988
Čornomorec'-Dnepr
2-2
Metalist-Ararat
4-1
6ª giornata
20 giugno 1988
Metalist-Čornomorec'
2-1
Ararat-Dnepr
1-0
Partite disputate il 28 agosto 1988.
Partite disputate il 25 e il 27 ottobre 1988.