Eberflus iniziò ad allenare nella NFL svolgendo il ruolo di allenatore dei linebacker dei Cleveland Browns nel 2009. Nel 2011 assunse lo stesso ruolo ai Dallas Cowboys. Dal 2018 al 2021 fu coordinatore offensivo degli Indianapolis Colts. Nel suo primo anno la difesa sui passaggi della squadra passò dal 28º posto al 16º, pur essendo la difesa meno pagata di tutta la NFL.[1]
Il 27 gennaio 2022 Eberflus fu nominato 17º capo-allenatore dei Chicago Bears.[2]