Il Grand Prix de Wallonie 1999, quarantesima edizione della corsa, si svolse il 13 maggio 1999 su un percorso di 196 km, con partenza da Jambes e arrivo a Namur. Fu vinto dall'australiano Patrick Jonker della Rabobank davanti all'olandese Leon van Bon e all'olandese Koos Moerenhout.