Con la denominazione di Santa Maria Maddalena di Xalca o Alga,[2], la chiesa sorse nella zona fortificata ad occidente della città, nota col nome di "Galka" (da al-Halqah, ovvero il "recinto"), l'antica cittadella fortificata difesa da mura di origine epoca punica e dominata dal Kasr, il castello degli emiri arabi divenuto poi residenza dei re normanni.
Con la lenta trasformazione della "Galka" e la fusione col resto della città, la chiesa fu inglobata nel quartiere militare di San Giacomo o "degli Spagnoli", l'area che si estende dal Cassaro fino al Papireto, dal 1622 utilizzata dalle truppe spagnole di stanza a Palermo.
Nel 1130 esisteva una più antica cappella dedicata a Maria Maddalena, fatta edificare da Elvira di Castiglia, prima moglie di Ruggero II di Sicilia, affinché ospitasse le sue spoglie e quelle dei conti, duchi, principi, re e regine normanni.[4] La cappella era contigua al lato sud della primitiva cattedrale, fatta costruire dal vescovo Vittore nel 592, e approssimativamente opposta alla cappella dell'Incoronazione. Recenti ipotesi[senza fonte] identificano il sito dell'antica cappella con quello oggi occupato dalla sacrestia dei canonici.
Nel 1140 il luogo di culto godeva di privilegi e concessioni.[4]
Nel 1187, la cappella fu demolita dall'arcivescovo Gualtiero Offamilio, su autorizzazione di Guglielmo II di Sicilia.[5] Il progetto, legato alla ricostruzione della nuova cattedrale, mirava a ricostruire la cappella poco più distante, verosimilmente duplicandone la forma ed utilizzando gran parte del materiale di risulta.[4] A fabbrica ultimata vi furono trasferiti temporaneamente i sacelli sepolcrali dei principi normanni, nell'attesa che si terminasse la costruzione della nuova cattedrale, dove avrebbero trovato definitiva collocazione. Guglielmo I di Sicilia già sepolto nella chiesa ipogea di Santa Maria delle Grazie della Cappella Palatina, la moglie Margherita di Navarra e i loro figli, Ruggero IV duca di Puglia, Roberto principe di Capua, Enrico principe di Capua, lo stesso Guglielmo II di Sicilia, a lavori conclusi furono traslati o sepolti nella coeva costruzione del Duomo di Monreale.
Già dalla sua fondazione la chiesa era suffraganea e unita alla Cappella Palatina, godeva di Patronato regio per privilegio concesso da Ruggero II.[4]
L'aggregato preposto alla difesa del Palazzo dei Normanni e degli edifici compresi nella paleopolis, nel 1650 fu ulteriormente recintato dal viceré di SiciliaGiovanni d'Austria. Due varchi consentivano l'accesso alla piazza d'armi: uno posto sul Cassaro di fronte ai baluardi della reggia, l'altro volto ad oriente.[1]
Il Quartiere militare di San Giacomo non è facilmente accessibile, la chiesa non visibile all'esterno è pertanto difficilmente visitabile se non in particolari ricorrenze.
Statua della MaddalenaStatua marmorea di bottega gaginiana raffigurante Santa Maria Maddalena, documentata all'esterno, oggi collocata all'interno del tempio.[6]
^Pagina 448, Tommaso Fazello, "Della Storia di Sicilia - Deche Due" [1]Archiviato il 29 novembre 2015 in Internet Archive., Volume uno, Palermo, Giuseppe Assenzio - Traduzione in lingua toscana, 1817.